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生物序列的相似性
相似性
(similarity)
:
是指一种很直接的数量关系,比如部分相同或相
似的百分比或其它一些合适的度量。比如
说
,
A
序列和
B
序列的相似性是
80
%,或者
4/5
。
这
是个
量化的关系。当然可
进
行自身局部比
较
。
NCBI
生物序列的同源性
同源性
(homology)
:
指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白
质
序列具而共同
祖先的
结论
,属于
质
的判断。就是
说
A
和
B
的关系上,只
有是同源序列,或者非同源序列两种关系。而
说
A
和
B
的
同源性
为
80
%都是不科学的。
NCBI
相似性和同源性关系
序列的相似性和序列的同源性有一定的关系,一般来
说
序
列
间
的相似性越高的
话
,它
们
是同源序列的可能性就更
高,所以
经
常可以通
过
序列的相似性来推
测
序列是否同源。
正因
为
存在
这样
的关系,很多
时
候
对
序列的相似性和同源
性就没有做很明
显
的区分,造成
经
常等价混用两个名
词
。
所以有出
现
A
序列和
B
序列的同源性
为
80
%一
说
。
NCBI
序列相似性比
较
和序列同源性分析
序列相似性比
较
:
就是将待研究序列与
DNA
或蛋白
质
序列
库进
行比
较
,用于
确定
该
序列的生物属性,也就是找出与此序列相似的已知
序列是什么。需要使用两两序列比
较
算法。常用的程序包
有
BLAST
、
FASTA
等;
序列同源性分析:
是将待研究序列加入到一
组
与之同源,但来自不同物种的
NCBI
序列中
进
行多序列同
时
比
较
,以确定
该
序列与其它序列
间
的同源性大小。
这
是理
论
分析方法中最关
键
的一步。完成
这
一工作必
须
使用多序列比
较
算法。常用的程序包有
CLUSTAL
等;
用核苷酸或蛋白
质
序列
进
行数据
库检
索
(Sequence-based
database
searching)
序列
对
位排列(
sequencealignment
)
将两条或多条序列
对
位排列,突出相似的
结
构区域
序列
1
序列
2
NCBI
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