SMRT link软件使用手册

SMRT Link是PacBio公司官方提供的用于数据分析的软件工具，其全称为SMRT Link软件使用手册。PacBio（Pacific Biosciences of California, Inc.）是一家专注于提供高精度单分子实时测序（SMRT）技术的生物技术公司。该技术能够在单个DNA分子水平上进行测序，从而获得长读长的测序数据，非常适合用于基因组学、转录组学以及基因型和表型关联研究等。 SMRT Link使用手册主要针对的是PacBio RSIISystem的用户，其内容涵盖了软件的安装、配置、运行以及结果分析等方面的知识。手册中详细介绍了SMRT Link软件界面的操作，例如如何使用菜单命令、如何进行样本设置、如何编辑或打印已有的计算结果，以及如何删除现有计算等。这些步骤对于初次接触该软件的用户来说，是学习如何运用该软件进行测序数据分析的必要指南。 在手册中，用户还可以了解到如何创建新的实验设计（Run Design），创建方法包括但不限于直接创建和通过导入CSV文件创建。CSV文件的导入功能使得用户可以方便地将外部数据整合进SMRT Link软件，进一步扩展了该软件的应用范围。除此之外，用户还可以学习到如何导入、编辑和删除实验设计。 RunQC是SMRT Link软件中的一个重要组成部分，它负责提供质量控制的参数和指标，从而让用户能够对实验数据的质量进行评估。这些质量控制参数有助于用户判断测序结果是否满足实验要求，进而作出是否需要重新实验或者对实验方法进行调整的决定。 在实验表格方面，手册提供了关于默认表格字段（Default Table Fields）和额外表格字段（Additional Table Fields）的详细信息。这些表格字段记录了有关实验样本的详尽信息，例如样本名称、实验状态等，它们对于数据的追踪和管理至关重要。此外，还有专门的耗材表（Consumables Table），用于记录实验所需耗材的信息，确保实验的顺利进行。 手册的注意事项部分提醒用户，该文档仅供研究使用，不适用于诊断程序。这说明了该软件及其实验结果尚不能用于人类或动植物的医疗诊断。PacBio公司也声明不承担因文档错误、遗漏或使用文档所造成的任何直接或间接损害的责任。同时，该公司还提到了某些与产品使用相关的法律条款和许可条件，用户需要在使用产品和第三方产品时仔细阅读并遵守。 手册中还涉及到了一些商标信息，比如PacBio、SMRT、SMRTbell、Iso-Seq和Sequel均为PacBio公司的注册商标。其他品牌如BluePippin和SageELF则分别属于Sage Science, Inc.，NGS-go和NGS engine是GenDx公司的商标，FEMTOPulse和Fragment Analyzer是Advanced Analytical Technologies公司的商标。这些商标信息的声明对于保护知识产权具有重要意义。 手册的结尾部分提供了联系信息和版权声明，指引用户如何获取法律条款、许可协议以及进一步的法律支持。同时，它也明确指出了文档内容可能随时更改，使用该文档时，PacBio公司不承担任何责任。 SMRT Link软件使用手册不仅提供了关于如何使用SMRT Link软件进行数据处理和分析的详细指导，还涵盖了软件使用许可、商标信息以及免责声明等重要信息。对于使用PacBio测序平台的科研人员而言，它是不可或缺的参考资料。通过学习该手册，用户可以更高效地利用SMRT Link软件进行生物信息学分析，促进生命科学领域的研究工作。