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miRNA 命名规范
一、miRNA 的定义
miRNA(microRNA)是一组由基因组编码的长度约 20~23 个核苷酸的非编码 RNA,通过和靶基因
mRNA 碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解 mRNA 或阻碍其翻译。
miRNA 在物种进化中相当保守,在植物、动物和真菌中发现的 miRNA 大部分在特定的组织和发育阶
段表达。miRNA 的组织特异性和时序性,决定组织和细胞的功能特异性,表明 miRNA 在细胞生长和发育
过程的调节过程中起多种作用。
二、miRNA 数据库
miRBase 序列数据库是存储 miRNA 信息最主要的公共数据库之一,提供公布的 miRNA 序列及注释信
息。目前 miRBase(Release 18.0)记录了 18226 个 miRNA。
三、miRNA 名称与编号
1) miRNA 成熟体命名规则(以动物 miRNA 为例)
①确定命名规则之前发现的 miRNA,则保留原来名字,如 hsa-let-7。
②miRNA 成熟体简写成 miR,再根据其物种名称,及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字,如
hsa-miR-122;
③高度同源的 miRNA 在数字后机上英文小写字母(a,b,c,…),如 hsa-miR-34a,hsa-miR-34b,
hsa-miR-34c 等;
④由不同染色体上的 DNA 序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的 miRNA,则在后面机上阿拉伯
数字以示区分,如 hsa-miR-199a-1 和 hsa-miR-199a-2;
⑤通常一个 miRNA 前体长度大约为 70~80nt,很可能两个臂分别产生 miRNA。
以前的做法是:表达水平较高的 miRNA 后面不加任何符号,而表达水平较低的 miRNA 后面加上*号,
如 rno-miR-9*。有时带“*”的 miRNA 就根本不出现。
而如果没有明显的表达差异,则以“-5p”和“-3p”分别命名。如 hsa-miR-26b-5p 和 hsa-miR-26b-3p ,分
别表明从 hsa-mir-26b 前体的 5’端臂和 3’端臂加工而来的。
在以前的命名中,有时也会以“-s”和“-as”来命名,但现在已经取消了这种命名方式。
注意:miRBase 18.0 对 miRNA 成熟体的名称进行了大量的修改,很多带“*”的 miRNA 都变成了“-5p”
或“-3p”。当然,新名称下面对应有其原来的名称。
案例请见:http://www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0000442
2) miRNA 编号及名称(以动物 miRNA 为例)
miRBase 记录了 miRNA 前体序列及 miRNA 成熟体序列,其中:
① miRNA 前体
发夹状结构的 miRNA 前体转录本以“mir”命名,其编号以“MI”编号,如人的 miRNA 122 的前体 ID 为
hsa-mir-122,Accession 为 MI0000442。
② miRNA 成熟体