用软件设计引物(PrimerPremier&Oligo)分享.pdf

: 用软件设计引物(PrimerPremier&Oligo)分享 : 本文档分享了如何使用软件 Primer Premier 和 Oligo 进行PCR引物设计，这两种软件在分子生物学实验中对于优化PCR反应至关重要。 【知识点】: 1. PCR引物设计的重要性: 不恰当的引物设计可能导致实验失败，表现为非目的带扩增、引物二聚体形成、无扩增或扩增强度低等问题。设计合适的引物是确保PCR成功的关键。 2. 计算机辅助设计: 现代引物设计大多依赖于计算机软件，这些软件基于引物设计的基本原则，能快速自动化地进行设计。例如，primer3网页服务是一个常用的在线工具，而本地软件如Primer Premier和Oligo提供更强大的功能。 3. 引物分析评价功能: 部分商业软件如Oligo 6在引物分析和评价方面表现出色，能够评估引物的特异性、熔解温度(Tm)和潜在的副反应。 4. 自动搜索功能: Primer Premier 在自动搜索功能上表现突出，Oligo 6其他软件如Vector NTI Suite、DNAsis、Omiga和Dnastar也具备此功能，但可能结果不尽如人意。结合使用Oligo和Premier可以得到更优的引物设计，前者用于分析评价，后者用于自动搜索。 5. Primer Premier 5.0特性: - 功能: 包括引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA基元查找，以及同源性分析。 - 简并引物设计: 支持根据氨基酸序列反推设计，处理遗传密码的不确定性，适用于不同生物亚结构的编码规则。 - 遗传密码规则: 提供八种不同的遗传密码规则，适应不同生物亚结构，如线粒体、支原体等。 6. 使用技巧: - 设计步骤: 主界面包含所有主要功能，限制性酶切点分析和基元查找操作简单。引物设计时，可调整搜索目的、类型、区域、长度、选择方式和参数等。 - 默认设置: 若无特殊需求，推荐使用默认参数，以保证引物设计的效率和准确性。 - 结果显示: 搜索完成后，结果将以表格形式展示，包括上游引物、下游引物及其特性。 软件 Primer Premier 和 Oligo 是PCR引物设计的强大工具，通过合理利用它们的功能和技巧，可以大大提高实验的成功率和效率。在实际操作中，应结合使用这两种软件，以充分利用其优势，为分子生物学实验提供最佳的引物设计方案。