9.16.2 Searching for and downloading abstracts using the history . . . . . . . . . . . . . . . . 170
9.16.3 Searching for citations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171
10 Swiss-Prot and ExPASy 172
10.1 Parsing Swiss-Prot files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172
10.1.1 Parsing Swiss-Prot records . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172
10.1.2 Parsing the Swiss-Prot keyword and category list . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174
10.2 Parsing Prosite records . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175
10.3 Parsing Prosite documentation records . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176
10.4 Parsing Enzyme records . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
10.5 Accessing the ExPASy server . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178
10.5.1 Retrieving a Swiss-Prot record . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178
10.5.2 Searching Swiss-Prot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
10.5.3 Retrieving Prosite and Prosite documentation records . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
10.6 Scanning the Prosite database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180
11 Going 3D: The PDB module 182
11.1 Reading and writing crystal structure files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182
11.1.1 Reading an mmCIF file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182
11.1.2 Reading files in the MMTF format . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183
11.1.3 Reading a PDB file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183
11.1.4 Reading a PQR file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
11.1.5 Reading files in the PDB XML format . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
11.1.6 Writing mmCIF files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
11.1.7 Writing PDB files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
11.1.8 Writing PQR files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
11.1.9 Writing MMTF files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
11.2 Structure representation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186
11.2.1 Structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188
11.2.2 Model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188
11.2.3 Chain . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188
11.2.4 Residue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189
11.2.5 Atom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190
11.2.6 Extracting a specific Atom/Residue/Chain/Model from a Structure . . . . . . . . . . . 191
11.3 Disorder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
11.3.1 General approach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
11.3.2 Disordered atoms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
11.3.3 Disordered residues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
11.4 Hetero residues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
11.4.1 Associated problems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
11.4.2 Water residues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
11.4.3 Other hetero residues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
11.5 Navigating through a Structure object . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
11.6 Analyzing structures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 196
11.6.1 Measuring distances . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 196
11.6.2 Measuring angles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 196
11.6.3 Measuring torsion angles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 196
11.6.4 Internal coordinates for standard residues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 196
11.6.5 Determining atom-atom contacts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
11.6.6 Superimposing two structures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
11.6.7 Mapping the residues of two related structures onto each other . . . . . . . . . . . . . 198
11.6.8 Calculating the Half Sphere Exposure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 198
4
