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CANOCO 4.5软件的使用 Using the Canoco forWindows 4.5 package
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2017-12-21
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Window版CANOCO 4.5 软件由几个相关程序组合成。在这一节我们将简单介绍一下各个程序的功能。然后再接着介绍这些程序的具体使用方法。这一章不能代替CANOCO软件的自带说明书,但对于初学者使用CANOCO还是很有帮助的。
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4. CANOCO 4.5 软件的使用
Using the Canoco forWindows 4.5 package
4.1 概述 (Overview of the package)
Window 版 CANOCO 4.5 软件由几个相关程序组合成。在这一节我们将简单介绍一下
各个程序的功能。然后再接着介绍这些程序的具体使用方法。这一章不能代替 CANOCO 软
件的自带说明书,但对于初学者使用 CANOCO 还是很有帮助的。
CANOCO for Window 4.5
这个程序是 CANOCO 的核心。通过使用它,你可以指定要分析的数据和排序模型,选
择分析的类型。你也可以选定一部分的被解释的变量和环境因子进入分析,也可以任意改变
样方或物种的权重。所以这些选择都被集中在 CANOCO 程序的对话框中。
CANOCO for Window 带有比较全面的排序方法。核心部分是基于线性模型的 PCA 和
RDA,基于单峰的模型的 CA,DCA 和 CCA。在这些基本排序方法基础上,CANOCO 也可
以做 CVA(典范变量分析),PCoA(主坐标分析)。但 NMDS 并没有被包括,因为的确用得
很少。
WCanoImp
这个程序的功能在 1.7 节已经讨论。但这个程序用法受到了 window 的剪贴板和电子表
格文件的限制。比如在 Excel2003 以前的版本,列数仅有 256 列,这就意味着样方数或物种
数不能两个同时超过 256 个,否则需要分割。当然行数宽松点,但不能超过 65536 行。如果
你的数据超过这个限制,你可以将你的数据分割为几个部分,经过 WCanoImp 转化后,再
用 CanoMerge 程序拼接起来。(Excel2007 的行列已经没有限制,这个问题已经不复存在)
CanoMerge
这个程序有如下三个用途,
1) 首要的任务是连接两个或多个包含相同样方但不同变量的数据文件。这个功能对于行
数或列数两者均超过 255 个变量很有用,能够拼接起来。如果你的数据列数超过了
255 列,就可以分割为多个文件,
注意,最好每个文件行数一样,而且行数最好是
代表样方。分别将这些分割开的表格用 1.7 节介绍的方法,转化一个个单独文件,
然后利用
CanoMerge (如图 4-1)将几个文件合成一个新的文件。“Add file” 是添
加文件的按钮,把需要合成的文件加进来,然后按 Merge 按钮,给新的文件名字,
就可以了。
2) 可以用来将您的数据文件输出带制表符分隔的 ASCII(文本)文件。这个功能是非常
有用的,特别是如果您的数据因为太大而不适合存在 Excel 表格里。而制表符格式文
件可以被常有统计软件包直接应用。你直接将需要转为文本文件的数据文件用 add
files 按钮选到对话框,然后选中对话框最底下的选项“Write merged table in
TAB-separated values format” (图 4-1),按下“Merge”按钮,即可生成文本文件。
3) 最后一个功能是可以过滤掉一些低频率的物种。在“Exclude variables with less than X
positive values”中的框中填上一个数字(图 4-1),这个数字代表如果一个物种所存
在的样方少于 X 个,将被剔除出去。这个功能是相当有用的,因为在 Canoco 程序里
面,尽管你可以任意剔除任一变量,也可以用“downweighting of rare species”来减
少稀少种的权重,但都是很盲目的,无量化的标准。而 CanoMerge 程序中这个选项
可以让你有目标地剔除一些低频率的物种。
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基于 CANOCO 的生态学数据的多元统计分析JanLeps,PetrSmilauer 著赖江山 编译
CanoDraw for Windows
CanoDraw for Windows 是用来做排图的程序。CanoDraw 的作图基础数据主要来自
Canoco 分析的结果,包括.con 文件和.sol 文件。CanoDraw 的输出文件是.cdw 文件,这个文
件独立于.con 文件和.sol 文件。CanoDraw 不仅可以生成排序图,也可以生成很多种等值线
图和回归模型图。详见第 10 章。
4.2 CANOCO 典型分析流程图(Typical flow-chart of data analysis
with Canoco for Windows)
输数据到电子
表格里
用 WCanoImp 将数
据转换为 Canoco
能识别格式文件
选择合适的模型
并进行排序分析
图 4‐2 用 CANOCO 作排序分析的简单流程图。
图 4-2 展示的是用 CANOCO 分析多元数据一般的流程。首先你必须打开你的电子表格
的数据,然后用 WCanoImp 程序将数据转化为 CACOCO 能兼容的文件。在 Canoco for
决定排序的模型
输出结果并用
CanoDraw 作图
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chafuchu7393
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