基于 CANOCO 的生态学数据的多元统计分析JanLeps,PetrSmilauer 著赖江山 编译
4. CANOCO 4.5 软件的使用
Using the Canoco forWindows 4.5 package
4.1 概述 （Overview of the package）
Window 版 CANOCO 4.5 软件由几个相关程序组合成。在这一节我们将简单介绍一下
各个程序的功能。然后再接着介绍这些程序的具体使用方法。这一章不能代替 CANOCO 软
件的自带说明书，但对于初学者使用 CANOCO 还是很有帮助的。
CANOCO for Window 4.5
这个程序是 CANOCO 的核心。通过使用它，你可以指定要分析的数据和排序模型，选
择分析的类型。你也可以选定一部分的被解释的变量和环境因子进入分析，也可以任意改变
样方或物种的权重。所以这些选择都被集中在 CANOCO 程序的对话框中。
CANOCO for Window 带有比较全面的排序方法。核心部分是基于线性模型的 PCA 和
RDA，基于单峰的模型的 CA,DCA 和 CCA。在这些基本排序方法基础上，CANOCO 也可
以做 CVA（典范变量分析）,PCoA（主坐标分析）。但 NMDS 并没有被包括，因为的确用得
很少。
WCanoImp
这个程序的功能在 1.7 节已经讨论。但这个程序用法受到了 window 的剪贴板和电子表
格文件的限制。比如在 Excel2003 以前的版本，列数仅有 256 列，这就意味着样方数或物种
数不能两个同时超过 256 个，否则需要分割。当然行数宽松点，但不能超过 65536 行。如果
你的数据超过这个限制，你可以将你的数据分割为几个部分，经过 WCanoImp 转化后，再
用 CanoMerge 程序拼接起来。（Excel2007 的行列已经没有限制，这个问题已经不复存在）
CanoMerge
这个程序有如下三个用途，
1) 首要的任务是连接两个或多个包含相同样方但不同变量的数据文件。这个功能对于行
数或列数两者均超过 255 个变量很有用，能够拼接起来。如果你的数据列数超过了
255 列，就可以分割为多个文件，
注意，最好每个文件行数一样，而且行数最好是
代表样方。分别将这些分割开的表格用 1.7 节介绍的方法，转化一个个单独文件，
然后利用
CanoMerge （如图 4-1）将几个文件合成一个新的文件。“Add file” 是添
加文件的按钮，把需要合成的文件加进来，然后按 Merge 按钮，给新的文件名字，
就可以了。
2) 可以用来将您的数据文件输出带制表符分隔的 ASCII（文本）文件。这个功能是非常
有用的，特别是如果您的数据因为太大而不适合存在 Excel 表格里。而制表符格式文
件可以被常有统计软件包直接应用。你直接将需要转为文本文件的数据文件用 add
files 按钮选到对话框，然后选中对话框最底下的选项“Write merged table in
TAB-separated values format” （图 4-1），按下“Merge”按钮，即可生成文本文件。
3) 最后一个功能是可以过滤掉一些低频率的物种。在“Exclude variables with less than X
positive values”中的框中填上一个数字（图 4-1），这个数字代表如果一个物种所存
在的样方少于 X 个，将被剔除出去。这个功能是相当有用的，因为在 Canoco 程序里
面，尽管你可以任意剔除任一变量，也可以用“downweighting of rare species”来减
少稀少种的权重，但都是很盲目的，无量化的标准。而 CanoMerge 程序中这个选项
可以让你有目标地剔除一些低频率的物种。
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