4. CANOCO 4.5 软件的使用
Using the Canoco forWindows 4.5 package
4.1 概述（Overview of the package）
Window 版 CANOCO 4.5 软件由几个相关程序组合成。在这一节我们将简单介绍一下
各个程序的功能。然后再接着介绍这些程序的具体使用方法。这一章不能代替 CANOCO
软件的自带说明书，但对于初学者使用 CANOCO 还是很有帮助的。
CANOCO for Window 4.5
这个程序是 CANOCO 的核心。通过使用它，你可以指定要分析的数据和排序模型，
选择分析的类型。你也可以选定一部分的被解释的变量和环境因子进入分析，也可以任意
改变样方或物种的权重。所以这些选择都被集中在 CANOCO 程序的对话框中。
CANOCO for Window 带有比较全面的排序方法。核心部分是基于线性模型的 PCA 和
RDA，基于单峰的模型的 CA,DCA 和 CCA。在这些基本排序方法基础上，CANOCO 也可
以做 CVA（典范变量分析）,PCoA（主坐标分析）。但 NMDS 并没有被包括，因为的确用
得很少。
WCanoImp
这个程序的功能在 1.7 节已经讨论。但这个程序用法受到了 window 的剪贴板和电子表
格文件的限制。比如在 Excel2003 以前的版本，列数仅有 256 列，这就意味着样方数或物
种数不能两个同时超过 256 个，否则需要分割。当然行数宽松点，但不能超过 65536 行。
如果你的数据超过这个限制，你可以将你的数据分割为几个部分，经过 WCanoImp 转化后，
再用 CanoMerge 程序拼接起来。（Excel2007 的行列已经没有限制，这个问题已经不复存
在）
CanoMerge
这个程序有如下三个用途，
1) 首要的任务是连接两个或多个包含相同样方但不同变量的数据文件。这个功能对于
行数或列数两者均超过 255 个变量很有用，能够拼接起来。如果你的数据列数超过了 255
列，就可以分割为多个文件，注意，最好每个文件行数一样，而且行数最好是代表样方。
分 别 将 这 些 分割 开 的 表 格 用 1.7 节 介 绍 的 方 法 ， 转 化 一 个 个 单 独 文 件 ， 然 后 利 用
CanoMerge （如图 4-1）将几个文件合成一个新的文件。“Add file” 是添加文件的按钮，把
需要合成的文件加进来，然后按 Merge 按钮，给新的文件名字，就可以了。
2) 可以用来将您的数据文件输出带制表符分隔的 ASCII（文本）文件。这个功能是非
常有用的，特别是如果您的数据因为太大而不适合存在 Excel 表格里。而制表符格式文件
可以被常有统计软件包直接应用。你直接将需要转为文本文件的数据文件用 add files 按钮
选到对话框，然后选中对话框最底下的选项“ Write merged table in TAB-separated values
format” （图 4-1），按下“ Merge”按钮，即可生成文本文件。
3) 最后一个功能是可以过滤掉一些低频率的物种。在“Exclude variables with less than X
positive values”中的框中填上一个数字（图 4-1），这个数字代表如果一个物种所存在的样
方少于 X 个，将被剔除出去。这个功能是相当有用的，因为在 Canoco 程序里面，尽管你
可以任意剔除任一变量，也可以用“downweighting of rare species”来减少稀少种的权重，但
都是很盲目的，无量化的标准。而 CanoMerge 程序中这个选项可以让你有目标地剔除一些
低频率的物种。
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