Circos 可视化自由软件中文简介
Circos 是一个用于可视化数据和信息的软件包，采用一种圆形风格的布局，使得 Circos 非常适合于挖掘数据对象或位置及其之间的关系。Circos 是自由软件，采用 GPL 协议分发。Circos 采用 Perl 编写，因此可以在装有 Perl 的任何操作系统上运行。Circos 输出 PNG 和 SVG 格式的、达到可发表质量的信息图片。
Circos 的主要特点是：
* 可以处理大量数据对象及其之间的关系
* 采用圆形风格的布局，易于挖掘数据对象或位置及其之间的关系
* 支持多种数据格式，包括基因组、染色体、各种变异数据、基于位置的质量等数据
* 输出高质量的信息图片，适合发表和分享
Circos 的应用场景：
* 基因组数据可视化
* 染色体数据可视化
* 基于位置的质量数据可视化
* 其他类型的数据可视化
学习 Circos 的步骤：
1. 在官方网站 http://circos.ca 了解 Circos
2. 学习 Circos 网站的教程第 1 章，下载并安装 Circos
3. 学习教程第 2 到 5 章，同时根据教程中的示例练习使用 Circos 画图
4. 准备你自己的数据，使用 Circos 画图
5. 学习教程第 6 到 10 章，设计你自己的可视化方案，准备数据并画图
Circos 的画图原理：
* 数据对象排布：在极坐标中根据偏移角度计算
* 数据对象之间的关系：二次贝塞尔曲线
* 数据对象的排序：Circos tools 中的 order 算法
Circos 的画图过程：
* 数据准备：按照 Circos 需要准备数据，无特殊格式
* 图形布局规划：画几个圈？每个圈画哪些数据？…
* 图形样式规划：什么颜色？粗细？是否留间隙？…
* 配置文件创建或修改：在配置文件中指定自己的数据和图形样式
* 绘图：bin/circos –conf ./circos.conf
Circos 的社群资源：
* 官方的 Google Group：http://groups.google.com/group/circos-data-visualization
* 在中国的文档翻译项目：http://code.google.com/p/circos-chn/
* 豆瓣小组：http://www.douban.com/group/circos/
* QQ 群：171307056
* 新浪微博：http://weibo.com/circos
* 腾讯微博：http://t.qq.com/circos
Circos 的作者是 Martin Krzywinski，他工作在加拿大 Michael Smith 基因组科学中心。他的网站和 Email 分别是：mkweb.bcgsc.ca，martink@bcgsc.ca
在中国，nodexy（也就是我）较早并较热情地参与和推进 Circos 的用户社区构建与交流。我是一个普通的程序猿，兴趣之一是可视化。我的 Gmail 是 nodexy。
- 1
- 2
前往页