oligo 中文说明

### oligo 中文说明知识点详解 #### 一、Oligo概述与主要功能 - **Oligo**是一款被广泛认可的专业引物设计软件，具备强大的功能，适用于各种分子生物学研究场景，包括但不限于普通引物对搜索、测序引物设计、杂交探针设计以及引物对质量评估。 #### 二、模板序列导入方法 Oligo支持多种方式导入模板序列，以满足不同情况下的需求： 1. **直接键盘输入** - **步骤**： 1. **启动序列输入界面**：通过`File`菜单中的`New Sequence`或工具栏上的同名按钮。 2. **输入DNA序列**。 3. **碱基回放功能**：可选，通过`Edit`菜单中的`Readback on`开启，便于校验输入准确性。 2. **复制粘贴** - **适用情况**：当序列已存在于TXT文件或其他Oligo不支持直接打开的格式（如Word文档或HTML文件）中时。 - **操作流程**：先在源文件中复制序列，然后在Oligo的序列展示窗口中粘贴。Oligo能够自动去除非碱基字符。 - **完成确认**：点击`Accept/Discard`菜单中的`Accept`命令。 3. **直接打开序列文件** - **适用格式**：Seq、FASTA、GenBank格式。 - **操作**：通过`File`菜单中的`Open`命令打开所需文件。 #### 三、引物设计模式 进入设计模式后，Oligo通常会展示三个关键窗口： 1. **6-碱基频率窗口**：帮助观察引物在特定物种基因组中的分布情况，尤其在处理基因组DNA或混合DNA时尤为有用。 2. **碱基退火温度窗口**：核心设计窗口，用于评估引物的退火条件。 3. **序列内部碱基稳定性窗口**：辅助检查引物5’端和3’端的稳定性差异。 #### 四、普通引物对搜索示例 以Mouse4E cDNA序列为模板设计PCR引物对，目标扩增产物长度为600-800bp。 1. **启动搜索对话框**：通过`Search`菜单中的`For Primers and Probes`命令。 2. **设置搜索条件** - **正负链**：勾选以搜索正反向引物。 - **兼容性配对**：确保引物间的相容性。 - **默认约束**：Oligo自动设定了一系列约束条件，例如避免二聚体形成、3’端的高度特异性、限定GC含量等。 3. **确定引物位置及PCR产物长度** - **范围设定**：上游引物范围1-2000，下游引物范围100-2300。 - **产物长度**：600-800bp。 4. **引物设计参数调整** - **普通设定**：提供六个等级的直观设定方法，便于快速选择合适参数。 - **自动化等级调整**：勾选`Automatically Change Stringency`，允许软件自动调整搜索敏感度直到找到合适的引物对。 - **反向PCR**：勾选`Inverse PCR`以设计反向PCR引物对。 - **引物长度调整**：可根据需要调整引物长度以匹配特定Tm值或引发效率。 5. **执行搜索** - **搜索结果**：点击`OK`按钮后，软件自动完成搜索并展示搜索结果窗口。 6. **查看结果** - **引物列表**：在`Primer Pairs`窗口中列出所有符合要求的引物对，包括引物位置、产物长度、最佳退火温度和GC含量。 - **排序功能**：支持按产物长度、最佳退火温度和GC含量进行排序。 Oligo不仅是一款强大的引物设计工具，其灵活的操作方式和丰富的自定义选项使其成为生物科学研究中不可或缺的助手。通过对上述步骤的详细解析，希望能帮助用户更好地掌握Oligo的使用方法，提升实验效率和精确度。