#### 任务及建议
+ **任务**:使用MONAI框架中的UNet网络完成KiTS19数据集的肾脏和肿瘤分割任务。
+ MONAI框架中提供了UNet、UNetr等网络的实现,只需要直接引入网络进行训练就可以。
> MONAI源码中提供的网络有这些:https://github.com/Project-MONAI/MONAI/tree/7baf2822c4cee81b54585974adde4a51d8040536/monai/networks/nets
>
> 建议使用其中的BasicUNet网络,参数少,结构简单,效果好
+ **代码参考**:https://github.com/Project-MONAI/tutorials/blob/main/3d_segmentation/unetr_btcv_segmentation_3d.ipynb
> MONAI源码中提供的网络有这些:https://github.com/Project-MONAI/MONAI/tree/7baf2822c4cee81b54585974adde4a51d8040536/monai/networks/nets
>
> 建议使用其中的BasicUNet网络,参数少,结构简单,效果好
+ **数据集**:使用KiTS19数据集
> 官方数据描述[Data - Grand Challenge (grand-challenge.org)](https://kits19.grand-challenge.org/data/)
>
> 论文描述见参考文献*《The KiTS19 Challenge Data》*
>
> 数据集下载链接:https://pan.baidu.com/s/1AOQDjPz9ye32DH-oDS0WDw 提取码:d7jk (如果觉得下载太慢找我用U盘拷)
>
> CT影像查看可以使用软件Slicer
+ **学习资料**:
深度学习资料:[《动手学深度学习》 — 动手学深度学习 2.0.0 documentation (d2l.ai)](https://zh.d2l.ai/)
pytorch:见参考文献中的*《Pytorch官方教程》*
#### 文件描述
+ **UNet**:原始代码和注释
+ **BasicUNet**:basicUNet代码和相关文件
> 1. basicunet.py:网络训练代码
> 2. check_best_crop.py:使用分割效果最好的图像,展示分割后器官,并保存图像
> 3. check_pro_pict.py:查看未分割的图像和标签,展示并保存
> 4. find_best_cut.py:找到分割效果最好的图像,展示并保存
> 5. plot.py:通过保存的plot_data重新绘制分割准确度和loss值增长图像并保存
> 6. read_dir.py:读取数据目录并保存为json文件
> 7. result_analysis.py:计算测试集中的多器官分割准确度
> 8. dataset:源数据
> 9. pictures:图像存储目录
> 10. results:训练后模型参数存储目录
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基于MONAI框架UNet网络进行KiTS19数据集中的医学CT图像分割任务python源码+项目说明+数据.zip (22个子文件)
code_20105
UNet
dataset
dataset_0.json 25KB
unetr.py 14KB
BasicUNet
pictures
dice_and_loss.svg 39KB
plot.py 977B
read_dir.py 1KB
basicunet.py 11KB
dataset
dataset_2.json 25KB
result_analysis.py 4KB
find_best_cut.py 6KB
check_best_crop.py 4KB
check_pro_pict.py 3KB
results
best_metric_model0.92.pth 21.96MB
plot_loss_0.92.pth 3KB
plot_dice_0.92.pth 3KB
参考文献
Unetr.drawio.svg 36KB
Unet.drawio.svg 38KB
The KiTS19 Challenge Data.pdf 573KB
PyTorch官方教程中文版.pdf 16.35MB
UNETR Transformers for 3D Medical Image Segmentation.pdf 1.04MB
An attempt at beating the 3D U-Net.pdf 245KB
readme.md 2KB
小白文档.md 2KB
共 22 条
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- m0_744226362024-04-24资源很受用,资源主总结的很全面,内容与描述一致,解决了我当下的问题。
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