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Documentation
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What is it?
This is a personal python programe, witch is used to translate DNA sequencing Pandaseq file which filename
end with '.seq' to fasta format, and combine each fasta sequcen to a single file(All_Sequence_Combined.fasta).
In this folder you can find sample data and originally source code and is also test_data freely available.
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The Latest Version
Details of the latest version can be found on the github page https://github.com/Z19900505/Transform_seq_to_fasta.
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Installation
1. First of all this executable program based on python 3.x, and packed with pyinstaller.
2. You should trust executable program, I promise it's safe. some nti-virus software may detect it as virus and delete
it, you can close your nti-virus software temporarily or add it to whitelists.
3. Double click the '测序Seq序列转换.exe' file to run this Programe and follow the prompts, enjoy it.
Realse & Debug
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Realse 2020.12.15.01
1. 解决部分seq文件编码问题,将所有带BOM的UTF-8格式文件转换成不带BOM的UTF-8,避免读取过程中出现BOM标识('\xef\xbb\xbf);
2. 解决部分seq文件名包含中文字符或空格造成读取失败问题。中文字符自动替换成拼音首字母,例如:"拼接失败" ——> "pjsb";
3. 解决部分seq文件内容首行不包含fasta格式所需的">"和注释.
没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
温馨提示
时间序列分析 一个时间序列通常由4种要素组成:趋势、季节变动、循环波动和不规则波动。 趋势:是时间序列在长时期内呈现出来的持续向上或持续向下的变动。 季节变动:是时间序列在一年内重复出现的周期性波动。它是诸如气候条件、生产条件、节假日或人们的风俗习惯等各种因素影响的结果。 循环波动:是时间序列呈现出得非固定长度的周期性变动。循环波动的周期可能会持续一段时间,但与趋势不同,它不是朝着单一方向的持续变动,而是涨落相同的交替波动。 不规则波动:是时间序列中除去趋势、季节变动和周期波动之后的随机波动。不规则波动通常总是夹杂在时间序列中,致使时间序列产生一种波浪形或震荡式的变动。只含有随机波动的序列也称为平稳序列。 时间序列建模基本步骤是:①用观测、调查、统计、抽样等方法取得被观测系统时间序列动态数据。②根据动态数据作相关图,进行相关分析,求自相关函数。相关图能显示出变化的趋势和周期,并能发现跳点和拐点。跳点是指与其他数据不一致的观测值。如果跳点是正确的观测值,在建模时应考虑进去,如果是反常现象,则应把跳点调整到期望值。拐点则是指时间序列从上升趋势突然变为下降趋势的点。
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多个测序Seq格式序列文件转fasta格式并汇总为一个文件,方便序列比对分析.zip (44个子文件)
tansform_-seq_to_-fasta_and_-combine-master
Transform_Seq_To_Fasta_and_Combine
测序Seq序列转换.exe.manifest 1KB
python37.dll 3.58MB
select.pyd 26KB
Include
pyconfig.h 20KB
.keep 0B
_socket.pyd 74KB
libcrypto-1_1.dll 3.24MB
_hashlib.pyd 38KB
_ssl.pyd 122KB
_bz2.pyd 87KB
测序Seq序列转换.exe 2.13MB
libssl-1_1.dll 673KB
All_Sequence_Combined.fasta 5KB
_lzma.pyd 181KB
unicodedata.pyd 1.02MB
pyexpat.pyd 195KB
base_library.zip 765KB
.keep 0B
VCRUNTIME140.dll 83KB
文件列表.txt 1KB
Sample_Data
M2012046929-FluA-2.seq 220B
M2012046931-FluA-4.seq 220B
M2012046928-FluA-1.fasta 219B
M2012046932-FluA-5.fasta 220B
M2012046928-FluA-1.seq 199B
M2012046929-FluA-2.fasta 220B
M2012046930-FluA-3.seq 221B
.keep 0B
M2012046932-FluA-5.seq 220B
M2012046930-FluA-3.fasta 221B
M2012046931-FluA-4.fasta 220B
LICENSE 34KB
All_Sequence_Combined.fasta 5KB
.gitignore 1KB
Code_Debug
测序Seq序列转换.py 7KB
Dna_128px.ico 66KB
All_Sequence_Combined.fasta 116KB
.keep 0B
README.md 2KB
转换失败.txt 213B
文件列表.txt 25KB
README.md 2KB
文件列表.txt 1KB
测序Seq序列转换Fasta.exe 5.91MB
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野生的狒狒
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