susCovONT:通过ONT测序生成共识文件.fasta文件并识别穿山甲谱系和Sars-CoV-2基因组的下一个菌株的管道

可持续发展 通过ONT测序生成共识文件.fasta文件并识别穿山甲谱系和Sars-CoV-2基因组的下一个菌株的管道。 该管道将​​名称为<run>的文件夹作为输入，其中包含来自Sars-CoV-2 ONT测序的文件夹fast5_pass和fast5_pass以及fastq_pass sequencing_summary*.txt以及链接条形码和样品名称的CSV文件，并以及<run>_report.csv ，其中包括， 和 。 安装 使用susCovONT/scripts/install.sh安装所有必要的工具和环境。您需要设置INSTALL_DIR的路径，这是安装存储库的路径（包括此存储库），并且 ： INSTALL_DIR=/home/susamr/Programs/ #Change to your install dir cd $INSTALL_DIR git