没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
ImageJ用户手册中文版,共59页。详细介绍了ImageJ软件各菜单功能解释,是ImageJ软件一份很好的速查手册。
资源推荐
资源详情
资源评论
ImageJ 用户指南 -- 1. 简介和安装
开篇说明
ImageJ 是一个优秀的开源图像处理工具,本系列是对 ImageJ 的官方 User Guide
的学习。
简介
ImageJ 是一个基于 Java 平台的图像处理和分析工具(它的发行版 Fiji 也提供了
其他语言,如 Python,的开发接口,Fiji 与 ImageJ 的关系,就跟 Ubuntu 和
Linux 的关系一样,即 Fiji 是 ImageJ 和它的很多插件的集合发行版),由美国国
立卫生研究院 NIH 所创立和开发。因为它基于 Java 平台,所以通吃各大平台,如
Windows、Mac OS 和 Linux,只要有 Java 运行环境即可安装和运行。
ImageJ 的功能有:
• 显示、编辑、分析、处理、保存和打印 8 位、16 位和 32 位(这些是色彩深
度,简单解释见这里)
• 支持多线程,所以可以并行读取图片文件
• 支持像素操作,如创建图片直方图等,支持标准的图片处理功能,如对比度
调节、锐化、平滑、边缘检测和中值滤波等
• 支持几何变换,如缩放、旋转、翻转等
• 强大的插件系统,可以任意定制自己想要的功能,同时拥有极好的插件生态
安装
ImageJ 因为发展了多年,有很多版本,乍一看很容易弄混。最开始是 1997 年开发
的 ImageJ1,即 ImageJ 1.x 这些版本号的软件,目前也在活跃开发中。但目前所
说的 ImageJ,是指的 ImageJ2,它是对 ImageJ1 的一个完全重写,更加便于二次开
发等,同时它也保持了对 ImageJ1 的兼容性,所以以前的插件和宏都能在新的
ImageJ 上运行。
这里建议直接安装 Fiji,它是 ImageJ 和常用插件的一个综合发行版。Fiji 的进一
步功能有:
• 更多的功能,如图像配准、图像拼接、图像分割、特征提取和三维可视化
• 支持多种脚本语言,如 BeanScript、Clojure、Jython、Python、Ruby 等
• 便利的插件升级系统,可以追踪和提示插件是否有更新及后续安装
相关软件
还有很多其他相对大型的软件基于 ImageJ 来开发,如:
• Bio7
• BoneJ
• TrakEM2
建议遇到问题时参考一下这些软件能不能有启发。
ImageJ 用户指南 -- 2. 基本概念
Posted on 2018-09-01 | In programming |
本章说明
这一章主要介绍 ImageJ 的一些基本概念。
快捷键
ImageJ 的快捷键在菜单中都有提示,且区分大小写,比如大写的 A 表
示”Shift+A”。同时还要注意查看”Edit-Options-Misc-Require control key
for shortcuts”是否勾选,如果未勾选,则快捷键不用按 ctrl。
查看所有的快捷键:Plugins-Shortcuts-List shortcuts
ImageJ 中所有的操作都是在目前激活的图片上进行的,即最前面的图片。在任意
图片上按 Enter,都会激活 ImageJ 的主窗口。
查找宏、命令、脚本和插件:小写的 l。
ImageJ 的撤销和重做:
• 因为缓存的限制,Edit-Undo 仅能撤销最近一次的图像操作,如果 Edit-Options-
Memory& Threads 中的 Keep multiple undo buffers 勾选后,撤销操作可以应用在多张图
片中。
• File-Revert 可将图片设置为最近一次保存的状态。
• 对于 Selections 选择,Edit-Selection-Restore Selection 可以用来恢复所有错选操作
• ImageJ 的 redo 重做是 Process-Repeat Command,即再次执行上一次命令
图片类型和格式
图片是一个二维网格,长宽分别是像素的个数,即像素是图片的最小的单元。网格
上的数值是像素的强度,它代表了像素的这个属性的强弱,比如一个灰度图片,强
度越大,图片越白。另一方面,像素的强度用多少位二进制数来表示,就是图片的
色彩深度,叫做 bit,它代表了像素被编码的精度。比如一个 2-bit 的图片,它只
能表示 4 种强度,即 00(黑)、01(灰)、10(灰)、11(白),而一个 8-bit 的图片,
则可以表示 256 种灰度值。再比如一张 RGB 图,它能分别表示红蓝绿三个通道的
256 种值,因此它是 24-bit 的。RGB 图也可以是 32-bit 的,即再加上一个表示透
明度的 8-bit 通道。
如果不使用第三方插件,ImageJ 可以打开如下格式:TIFF、GIF、JPEG、PNG、
DICOM、BMP、PGM 和 FITS。
Stacks
ImageJ 可以在单一窗口中显示多个时间或空间相关的图片。这些图片集称为
“Stacks”,这些图片称为”Slices”。在 Stacks 中,原先的二维的像素变成了
一个体素 Voxel,即在三维空间中的网格上的强度值。
在一个 stack 中的所有的 slices 都必须有相同的尺寸的色彩深度。
一个文件夹中的图片可以通过拖拽进入 ImageJ 窗口或者 File-Import-Image
Sequence 来形成一个 Stack。
创建一个新的 Stack:File-New-Image,将 Slices 这一项设为大于 1 的数即可。
Image-Stacks 中包含了常用的对 stack 进行的操作。大多数 ImageJ 的过滤器是对
Stack 中的所有 Slices 进行操作。
彩色图片
ImageJ 主要用以下三种方式来处理彩色图片:
伪彩色图片
伪彩色图片实际是一张单通道的灰度图片,然后通过一个查找表 lookup table
(LUT)来为它分配颜色。
真彩色图片
真彩色图片有色彩空间的概念,常用的是 RGB 空间,以及 HSB、YUV 等。HSB 就是
色度、饱和度和亮度,这种颜色空间在处理颜色信息时特别有用。
色彩空间的转换在 Image-Type 中。
色彩空间中的色彩分割在:Image-Adjust-Color Threshhold。
组合图片
这种图片将各个通道都分开,所以可以对单个通道进行操作。Image-Color-
Channel Tool
选区
选区 Selections,也就是画出 ROI (Regions of Interest)。尽管 ImageJ 可以同
时显示多个 ROIs,但一次只能激活一个 ROI。
区域选择时,选择好的 ROI 可以进行以下操作:
• 测量:Analyze-Measure
• 绘制:Edit-Draw
• 填充:Edit-Fill
• 滤波:Process-Filters 再选择子菜单
选区时初始颜色是 ImageJ 默认九种颜色中的一个,一旦创建后,就可以使用
Edit-Selection-Property 来设定。
Overlay
Overlay 是最好的对图片做注释的方式,因为它不会改变像素值。
Overlay 可以看成是一个不可见的 ROI 管理器。
可以把多个 ROIs 放进一个 Overlay 中,这样就可以来回调用多个 ROI,方法是
Image-Overlay-Add Selection。
也可以把 Overlay 转成 ROI 管理器:Image-Overlay-To ROI Manager。
三维图片
原生的 ImageJ 对三维 ROI 支持不是很好,但有很多插件可以辅助:
• 3D Filters
• 3D Object Counter
• 3D Viewer
• Simple Neurite Tracer
• TrakEM2
设置和默认值
ImageJ 的配置文件是 IJ_prefs.txt。
ImageJ 用户指南 -- 3. 扩展:宏、插件
和脚本
Posted on 2018-09-02 | In programming |
本章说明
ImageJ 的功能可以通过宏、插件和脚本三种形式进行扩展:
• 宏:宏是最简单的执行一系列 ImageJ 命令的方式。ImageJ 的宏语言是一种类 Java 的语
言,包含了一系列的控制体、算子和内置函数,可以用来调用内置命令和其他宏。宏
的代码存储在以.txt 和.ijm 为扩展名的文本文件中。
• 插件:比宏更强大、更灵活、也更快,但也更难写和调试。ImageJ 的大多数的菜单命
令其实是插件。插件是用 Java 语言编写,后缀是.java 源文件,然后编译成.class 文件。
• 脚本:ImageJ 使用 Mozilla Rhino 解释器来运行 JavaScripts 脚本。类似于插件,脚本也
对所有的 ImageJ API 和 Java API 有访问权限,但是不需要编译。另一方面,脚本不如宏
语言简单,与 ImageJ 的集成不那么紧密。Fiji 也支持其他语言写成的脚本。
宏
宏是一个自动执行一系列 ImageJ 命令的简单程序。创建宏的最简单的方法是录制
一系列的命令:Plugins-Macros-Record。
宏存成一个.txt 或.ijm 后缀的文本文件,然后通过 Plugins-Macros 加载。
关于宏编程的教程有:
• The ImageJ Macro Language
• The Built-in Macro Functions webpage
• Tutorials on the Fiji webpage
• How-tos and tutorials on the ImageJ Documentation Portal
脚本
原生 ImageJ 脚本是用 JavaScript 语言写成。
资源有:
• The ImageJ web site, with growing documentation
• Tutorials on the Fiji webpage
• Online scripts repository
Fiji 则支持其他语言,比如 BeanShell、Clojure、Python 和 Ruby。
资源有:
• Jython Scripting
• Jython Scripting Examples
• The extensive tutorial on scripting Fiji with Jython by Albert Cardona
• Dedicated tutorials on the Fiji webpage
剩余58页未读,继续阅读
资源评论
todaluo
- 粉丝: 2
- 资源: 1
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功