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ImageJ user-guide
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ImageJ user-guide
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ImageJ
User Guide
ImageJ
User Guide
IJ 1.46r
Revised edition
ImageJ/Fiji 1.46
ImageJ User Guide
IJ 1.46r
Tiago Ferreira
•
Wayne Rasband
Tuesday 2
nd
October, 2012
Foreword
The ImageJ User Guide provides a detailed overview of ImageJ (and inherently Fiji),
the standard in scientific image analysis (see XXVI Focus on Bioimage Informatics).
It was thought as a comprehensive, fully-searchable, self-contained, annotatable
manual (see Conventions Used in this Guide). A HTML version is also available as
well as printer-friendly booklets (see Guide Formats). Its latest version can always
be obtained from http://imagej.nih.gov/ij/docs/guide. The source files are available
through a Git version control repository at http://fiji.sc/guide.git.
Given ImageJ’s heavy development this guide will always remain incomplete. All Im-
ageJ users and developers are encouraged to contribute to the ImageJ documentation
resources (see Getting Involved).
Contents
Release Notes for ImageJ 1.46r vii
Noteworthy viii
Macro Listings ix
Conventions x
I Getting Started
1 Introduction 1
2 Installing and Maintaining ImageJ 2
2.1 ImageJDistributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
2.2 Related Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
2.3 ImageJ2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
3 Getting Help 5
3.1 Help on Image Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
3.2 Help on ImageJ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
II Working with ImageJ
4 Using Keyboard Shortcuts 8
5 Finding Commands 8
6 Undo and Redo 9
7 Image Types and Formats 10
8 Stacks, Virtual Stacks and Hyperstacks 12
9 Color Images 14
10 Selections 17
10.1 Manipulating ROIs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
10.2 Composite Selections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
10.3 Selections With Sub-pixel Coordinates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
11 Overlays 19
12 3D Volumes 21
13 Settings and Preferences 22
III Extending ImageJ
14 Macros 23
ii
15 Scripts 24
16 Plugins 24
17 Scripting in Other Languages 26
18 Running ImageJ From the Command Line 26
IV ImageJ User Interface
19 Tools
19.1 Area Selection Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
19.2 Line Selection Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
19.3 Arrow Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
19.4 Angle Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
19.5 Point Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
19.6 Multi-point Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
19.7 Wand Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
19.8 Text Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
19.9 Magnifying Glass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
19.10 Scrolling Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
19.11 Color Picker Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
19.12 More Tools Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
19.13 Arrow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
19.14 Brush . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
19.15 Developer Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
19.16 Flood Filler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
19.17 LUT Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
19.18 Overlay Brush . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
19.19 Pencil . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
19.20 Pixel Inspector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
19.21 Spray Can . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
19.22 Stacks Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
20 Custom Tools 41
21 Contextual Menu 42
22 Results Table 43
23 Editor 44
24 Log Window 46
25 Customizing the ImageJ Interface 46
25.1 Floating Behavior of Main Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
25.2 Pointer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
V Menu Commands
26 File . 49
26.1 New . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
iii
26.2 Open. . . [o] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
26.3 Open Next [O] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
26.4 Open Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
26.5 Open Recent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
26.6 Import . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
26.7 Close [w] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
26.8 Close All . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
26.9 Save [s] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
26.10 Save As . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
26.11 Revert [r] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
26.12 Page Setup. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
26.13 Print. . . [p] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
26.14 Quit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
27 Edit . 61
27.1 Undo [z] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
27.2 Cut [x] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
27.3 Copy [c] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
27.4 Copy to System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
27.5 Paste [v] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
27.6 Paste Control. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
27.7 Clear . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
27.8 Clear Outside . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
27.9 Fill [f] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
27.10 Draw [d] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
27.11 Invert [I] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
27.12 Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
27.13 Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
28 Image . 75
28.1 Type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
28.2 Adjust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
28.3 Show Info. . . [i] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
28.4 Properties. . . [P] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
28.5 Color . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
28.6 Stacks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
28.7 Hyperstacks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
28.8 Crop [X] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
28.9 Duplicate. . . [D] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
28.10 Rename. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
28.11 Scale. . . [E] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
28.12 Transform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
28.13 Zoom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
28.14 Overlay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
28.15 Lookup Tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
29 Process . 107
29.1 Smooth [S] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
29.2 Sharpen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
29.3 Find Edges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
29.4 Find Maxima. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
29.5 Enhance Contrast. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
iv
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