系统发育关系

系统发育分析 系统发育（Phylogeny），也叫系统发生，是指任何实体（基因、个体、种群、物种等）的起源和演化关系。 将进化论的原理拓展到DNA水平和蛋白质序列水平，通过多重序列比对，研究一组相关的基因或蛋白质，推断和评估...

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中国齿甲属Uloma系统发育关系 (2011年) 为了对中国齿甲类群进行更深入的研究，运用支序分析方法和Henni986程序研究了齿甲属(鞘翅目：拟步甲科)全部中国已知种类的系统发育关系，根据支序所得最简约树(步长L=149，CI值为25， RI值为46)制作的支序图首次提出...

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基于18SrDNA序列研究腺介虫亚目系统发育关系 (2005年) 和Cytherelloidea．munechikai为外群，采用最大简约法(MP法)和邻接法(NJ法)对腺介虫亚目(Cypridocopina)3总科5科9种动物的系统发育关系进行了分析．结果表明：1)现生腺介虫亚目动物为单系群；2)两种营海水生活的介形...

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基于nrDNA ITS序列东北地区丁香属植物的系统发育关系1) (2010年) 通过nrDNA ITS测序分析，对东北地区的丁香属内11个种的系统发育关系进行了初步的研究。依据ITS序列中的信息位点，应用系统发育分析软件MEGA2-1构建的分子系统树，在一定程度上支持了传统的依形态特征进行的分类。但...

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五倍子蚜与寄主植物DNA序列系统发育关系及其协同进化 (2009年) 从GenBank下载瘿绵蚜科Pemphigidae瘿绵蚜属Pemphigus、卷叶绵蚜属Prociphilus和棉蚜属Eriosoma及纩蚜科Mindaridae纩蚜属Mindarus种相应基因序列为外类群，构建五倍子蚜种之间的MP和ML分子系统发育关系，两种方法得到...

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基于rDNA-ITS基因齿爪金龟属三亚属的系统发育关系研究 (2010年) 作者采用PCR和DNA测序方法,研究了齿爪金龟属三亚属核糖体DNA(rDNA)...分子系统树显示,三亚属的系统发育关系为(齿爪金龟亚属+狭肋金龟亚属)+脊头金龟亚属,齿爪金龟属三亚属间的遗传距离要远远小于与索鳃金龟属间的距离。

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腺水螨总科科间系统发育关系支序分析 腺水螨总科科间系统发育关系支序分析，郭建军，金道超，本文对现行腺水螨总科8科进行了支序系统学发育分析，分析选用了23个形态学特征和2个生物学特征。分析结果验证了Cook对腺水螨总科科�

评级：0 浏览量：62 收藏量：0 资源大小：259KB 上传时间：2020-01-04

我国多斑按蚊复合体mtDNA-COⅡ基因序列分析及系统发育关系研究(双翅目:蚊科) (2003年) 测定并比较分析了我国多斑按蚊复合体5成员种(多斑按蚊、威氏按蚊、伪威氏按蚊、达罗毗按蚊及塞沃按蚊)mtDNA COⅡ的基因序列,并依据该分子特征构建了其系统发育关系.结果显示,多斑按蚊复合体5成员种的COⅡ基因序列...

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癌症的最终起源：分子系统发育 在每个生物学水平上对这些特征的研究代表了建立系统发育关系的方法。 在单细胞和殖民地生物中，这些特征提供了面对威胁的勇气。 在人类中，它们是不活跃的，只有在潜在的慢性损伤时才恢复自我表达。 然后，他们调节...

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利用trn-F序列分析杨属树种的系统发育关系 (2010年) 排序后的比对长度为857个位点，其中46个为变异位点，33个为系统发育的信息位点。以嵩柳和极地柳为外类群，分别用邻接法和UPGMA方法构建了杨属主要栽培树种的系统发育进化树。系统进化分析显示：1）白杨派能聚类形成...

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腺水螨科属（亚属）系统发育关系支序分析 腺水螨科属（亚属）系统发育关系支序分析，郭建军，金道超，本文对现行腺水螨科3属8亚属进行了支序系统学发育分析，分析选用了16个形态学特征。据分析结果揭示的3属8亚属之间的系统发育关系，

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植物系统进化发育系谱图.pdf 植物系统进化发育系谱图

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基于28S rDNA和COI基因的反颚茧蜂亚科9属系统发育关系研究（膜翅目：茧蜂科） 基于28S rDNA和COI基因的反颚茧蜂亚科9属系统发育关系研究（膜翅目：茧蜂科），黄珺，陈家骅，本文基于28S rDNA和COI基因序列，以最大似然法（ML）和最大简约法（MP）构建分子发育树，探讨反颚茧蜂亚科9属之间的系统...

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treetime:带时间戳的系统发育和祖先重建的最大似然推断 为了优化时间尺度系统发育的可能性，TreeTime使用一种迭代方法，该方法首先根据给定的树的分支长度来推断祖先序列，然后优化时间轴上不受约束的节点的位置，然后重复此循环。 唯一的拓扑优化是（可选）解析多面体的...

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浅谈系统发育分析及进化树制作.ppt 系统发育分析是研究物种进化和系统分类的一种方法，研究对象为携带遗传信息的生物大分子序列，采用特定的数理统计算法来计算生物间的生物系统发生的关系。并用系统进化树来概括生物间的这种亲缘关系。

评级：0 浏览量：1983 收藏量：1 资源大小：3.18MB 上传时间：2020-02-03

phylocaml:OCaml 的系统发育文库 基于重构的系统发育库。 Phylocaml的目标是利用POY 3/4/5的经验来开发一个库。 进行这种重构的一个主要原因是，我们需要能够支持之前实现中不同类型的拓扑。 尽管我们的效用是开发一种有根网络的方法，但我们相信该...

评级：0 浏览量：48 收藏量：0 资源大小：103KB 上传时间：2021-06-16

Broccoli:使用系统发育和网络分析的直系学分配 简而言之，西兰花对大多数蛋白质进行超快速系统发育分析，并建立直系同源关系网络。 然后使用无参数机器学习算法（标签传播）从网络中识别直系同源组。 西兰花还检测由基因融合事件产生的嵌合蛋白，并将这些蛋白...

评级：0 浏览量：68 收藏量：0 资源大小：659KB 上传时间：2021-05-29

基于形态特征的中国离颚茧蜂族系统发育研究 基于形态特征的中国离颚茧蜂族系统发育研究 ，黄珺，陈家骅，基于81个形态学特征，对中国离颚茧蜂族7属42种建立形态矩阵进行支序分析，探讨中国离颚茧蜂族系统发育关系。以黄腹潜蝇茧蜂为外群�

评级：0 浏览量：75 收藏量：0 资源大小：674KB 上传时间：2020-02-13

菊花及其近缘种的分子进化与系统发育研究* (2004年) 该文分析了几个在菊花及其近缘种起源与亲缘关系研究中有代表性的CHS基因、CDS基因和核糖体nrITS基因等的分子进化和以其核苷酸与氨基酸序列进化差异构建的系统发育关系，概述了前人基于RAPD、AFLP和SSR等分子标记的以...

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基于线粒体16S rDNA序列的日本Unionoida（软体动物：双壳纲）的系统发生关系。 在这项研究中，我们确定了属于18个物种的60个标本的线粒体16S核糖体DNA序列（347 bp），并构建了树以阐明系统发育关系并评估了日本union类贻贝的当前系统。 尽管从远方收集了两个或两个以上的标本，但几乎所有的...

评级：0 浏览量：273 收藏量：0 资源大小：2.52MB 上传时间：2020-06-05

哺乳动物系统发育基因组学研究进展 哺乳动物系统发育基因组学研究进展，周旭明，杨光，随着越来越多物种全基因组测序的完成，在基因组水平上探讨哺乳动物的系统发育关系与进化成为研究的热点。本文简要介绍了系统发育

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基于线粒体DNA全序列11个蛋白编码基因拼接序列的鳞翅目昆虫系统发育研究 (2010年) 由于高变异性和强核苷酸组成偏好性,去除了两个蛋白基因和两个物种,最终以10个鳞翅目物种的11个蛋白编码基因拼接序列对鳞翅目分子系统发育关系进行了研究。与前人的结果一致,基于11个蛋白编码基因拼接序列数据所构的...

评级：0 浏览量：310 收藏量：0 资源大小：880KB 上传时间：2021-05-10

中国3个牛种cyt b基因多态性及其系统发育研究 (2007年) 基于mtDNA cyt b基因全长序列，对中国黄牛、牦牛和水牛的遗传多态性和系统发育关系进行了分析。结果表明，中国黄牛、牦牛和水牛cyt b基因序列中碱基A和T的含量均比较高，A+T的平均含量分别为56.6%，58.2%和56.0%。...

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基于12S、16S和Cytb基因部分序列的丽棘蜥系统发育分析 (2012年) 本文测定丽棘晰12SRNA,16SRNA,Cytb基因部分序列,并从GenBank中下载15种有鳞目动物的同源序列,以鳄目的2个种(Alligatorsinensis和Cairmancrocodilus)作为外群,构建MP,NJ和ML分子系统树,探讨它们的系统发育关系。...

评级：0 浏览量：57 收藏量：0 资源大小：3.6MB 上传时间：2021-05-26

论文研究-QS-Net：基于四元组和六元组重建系统发育网络 .pdf QS-Net：基于四元组和六元组重建系统发育网络，谭明，曹智，当生物实体或分类群之间涉及网状事件如水平基因转移，杂交，基因重组和基因重配时，系统发育网络被用于估计它们的进化关系。在过

评级：0 浏览量：137 收藏量：0 资源大小：660KB 上传时间：2019-08-27

煤变质作用对煤储层孔隙系统发育的影响 为了深入研究煤变质作用对煤储层孔隙系统发育特征的影响,通过镜质组反射率测试、压汞实验和低温液氮吸附实验等手段,探讨了BET比表面积与微孔体积的关系,分析了煤变质程度对孔隙度、微孔体积及BET比表面积的影响。...

评级：0 浏览量：107 收藏量：0 资源大小：321KB 上传时间：2020-05-10

matlab女孩代码-child-growth-charts:根据世界卫生组织的生长标准，以图形方式评估儿童的发育 growthcharts.py是一个python脚本，可以根据进行（图形）儿童发育的评估。 主要特点 该脚本使用孩子的以下内容作为输入数据： 性别 年龄 重量 长度 头围 生成一系列图，显示： 孩子成长的曲线和速度，以及 孩子所在...

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PhyloTreePruner:用于修剪系统发育树的漂亮 Java 程序。-开源 系统基因组学是使用大型多基因数据集进行系统发育推断，依赖于对感兴趣的分类群中直系同源序列的准确识别。 为了使用基于树的方法改进系统基因组学的直系学确定，我们开发了 PhyloTreePruner，这是一种实用程序，它...

评级：0 浏览量：250 收藏量：0 资源大小：327KB 上传时间：2021-07-01

中国东南沿海青蟹属不同种类的mtDNA COI基因序列分析及其系统发育 (2008年) 1775)，紫螯青蟹S．tranquebarica(Fabricius，1798)，榄绿青蟹S．olivacea(Herbst，1796)，拟穴青蟹S．paramamosain(Estampador，1949)的线粒体COI基因片段进行了测定，分析研究了其种间遗传差异及系统发育关系．...

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应用ITS序列分析葱属植物发育关系 (2013年) 用克隆测序法检测葱属14个...种间遗传距离表明:洋葱、分蘖洋葱和胡葱亲缘关系最近,大葱、鸡腿葱和阿尔泰葱之间也非常近。MP和NJ系统树显示:14种葱属物种分为两大支,燕、韭菜、韭葱和大蒜被分在一支;其余的为另一支。由

评级：0 浏览量：65 收藏量：0 资源大小：578KB 上传时间：2021-05-17

光谱匹配matlab代码-Muscari:MUSCARI（多任务谱聚类算法） 穆斯卡里（Muscari）是一种新的基于多任务图的聚类算法，通过使用物种与物种之间的系统发育关系，共同从物种特定的全基因组共表达网络中跨物种识别基因共表达模块（或子网络）。共表达矩阵的基于图的性质。 穆斯卡里...

评级：0 浏览量：243 收藏量：1 资源大小：10.13MB 上传时间：2021-05-25

phyluce：用于UCE（和通用）系统发育组学的软件 phyluce：用于UCE（和通用）系统发育组学的软件 （PHY-LOO -chee）是最初从在生物体基因组超保守单元采集分析数据开发的软件包。 该软件包现在包括许多工具，涵盖： 将原始读取数据汇编到contig UCE重叠群的识别...

评级：0 浏览量：330 收藏量：0 资源大小：1.63MB 上传时间：2021-02-21

基于Cytb基因的家养双峰驼分子系统发育研究 (2009年) [方法]测定了37峰家养双峰驼线粒体细胞色素b(Cytb)的部分基因序列,并结合GenBank中已有的家养和野生双峰驼线粒体细胞色素b基因序列,对家养双峰驼进行系统发育分析。[结果]测得的家养双峰驼Cytb基因序列1024bp的位点...

评级：0 浏览量：53 收藏量：0 资源大小：852KB 上传时间：2021-05-21

贵州赤水地区构造特征及与裂缝发育关系研究* (2006年) 贵州赤水地区天然气储集层主要为碳酸盐岩...本文利用构造分析方法，对赤水地区构造特征进行了系统研究，确定构造与裂缝之关系，探讨裂缝在本区发育的期次、性质、分布状态和分布范围，为本区天然气进一步勘探指明方向。

评级：0 浏览量：42 收藏量：0 资源大小：5.42MB 上传时间：2021-05-23

基于rDNA ITS序列探讨中国柴胡属系统发育和起源 基于rDNA ITS序列探讨中国柴胡属系统发育和起源，赵财，梁乾隆，使用DNAstar、PAUP和MrBayes对61种柴胡属植物和4种近缘植物的ITS序列进行系统分，探讨65种（包含变种）柴胡属植物与近缘种的演化关系，并�

评级：0 浏览量：95 收藏量：0 资源大小：1.32MB 上传时间：2020-01-03

层次分析matlab代码-scEpath:基于能量景观的方法，用于测量发育状态并从单细胞RNA-seq数据推断细胞轨迹 scEpath是一种新颖的计算方法，用于定量测量单细胞的发育能力和可塑性以及细胞状态之间的转移概率，并从单细胞基因表达数据推断谱系关系和伪时间顺序。 此外，scEpath还可以进行许多下游分析，包括针对给定的细胞簇...

评级：0 浏览量：279 收藏量：0 资源大小：8.59MB 上传时间：2021-05-23

子囊菌交配型基因MAT1-2系统发育的研究 子囊菌交配型基因MAT1-2系统发育的研究，贾冬梅，王雪亮，子囊菌是一类产生子囊和子囊孢子高等真菌，但由于人们对其系统发育与亲缘关系认识的局限性，使得菌物学家对子囊菌的分类意见尚未

评级：0 浏览量：73 收藏量：0 资源大小：578KB 上传时间：2020-02-21

trisicell:可扩展的肿瘤系统发育重建和单细胞数据（scRNA或scDNA）的验证 Trisicell-可扩展的肿瘤系统发育重建和单细胞数据验证 Trisicell（三PLE-工具包SI ngle-细胞瘤系统发育），发音为“三轮车”，是可扩展的肿瘤系统发育重建和评估从scRNAseq（以及单细胞基因组或外显子测序）的数据的...

评级：0 浏览量：98 收藏量：0 资源大小：22.88MB 上传时间：2021-04-10

tree2graph:将系统发育树转换为图并将其合并为最终图 将系统发育树转换为图并将其合并为最终图 用法： newickTree_2_CytoscapeLink.pl：转换树（newick格式）以链接信息； treeLinks_merge.pl：合并多棵树的链接信息； generate_nodeSize.pl：根据登录和共同祖先的...

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嗜盐嗜碱菌株20-13的生物学特性及系统发育学分析 (2013年) 对大庆盐碱土中分离到的菌株20-13进行表型特征、生理生化特性和系统发育学研究表明，菌株 20-13为革兰氏阴性、能运动的杆菌，末端形成膨大的芽孢，嗜碱且中度嗜盐，能在NaCl浓度为1%～25%（W/V）的改良S-G培养基中...

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ncov:使用nextstrain进行SARS-CoV-2系统发育分析的模板目录 依存关系 为了能够运行由确定的管道Snakefile ，需要建立一个扩展conda nextstrain环境，这将部署所有依赖由位于该Python脚本要求（模块和包） scripts目录。 检查该目录中的每个脚本，以了解它们在工作流程中的作用...

评级：0 浏览量：210 收藏量：0 资源大小：451KB 上传时间：2021-03-31

中国浓香型白酒窖池中原核微生物的特性及系统发育分析 (2005年) 在分子分类水-平上，运用PCR扩增技术和16SrDNA序列同源性分析等方法测定窖池中原核微生物的16srRNA基因全序列，根据与基因数据库中相似菌群16srDNA序列的同源性比较建立系统发育树图。结果发现：当浓香型窖池中酒醅...

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论文研究 - 根瘤菌伴有多位点序列分析 在这项研究中，使用多基因座序列分析（MLSA）分析与羽扇豆和大豆相关的根瘤细菌之间的系统发育关系。 在分析的17种细菌菌株中，有13种从羽扇豆根瘤中分离出来。 从美国农业部国家根瘤菌种质资源库获得。 另外，检查...

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基于线粒体16S rRNA与COI基因序列的刻肋海胆属系统发育研究 (2012年) COI）基因片段序列为标记，以杂色角孔海胆（Salmacis sphaeroides）为外群，基于距离法（NJ）、最大简约法（MP）和最大似然法（ML）分别构建分子系统树，对刻肋海胆属（Temnopleurus）进行了系统发育学研究。...

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南美东缘盐岩发育特征及其与油气聚集的关系 (2013年) 通过对南美东缘13个被动陆缘盆地系统解剖，总结了南美东缘盐岩发育特征：平面上盐岩主要发育在中部7个盆地中，发育薄层区、过渡区和厚层区等3种类型盐岩发育区；纵向上发育在白垩纪 Aptian时期，发育时间先北后南；...

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贝盖侧耳的系统发育地位—基于nrDNA-LSU和ITS序列分析的研究 (2005年) 通过同时对细胞核编码的核糖体大亚基DNA（nrDNA-LSU）和内转录间隔区（ITS）两个片段序列进行测定，分析了贝盖侧耳的系统发育地位。结果显示：贝盖侧耳与幕盖菇属亲缘关系较远，而与侧耳属成员关系密切，担子果侧生...

评级：0 浏览量：40 收藏量：0 资源大小：392KB 上传时间：2021-05-09

DMS算法基于物种水平的生物分类学和系统发育信息对宏基因组进行全面比较1 摘要：精确、全面地计算宏基因组样本之间的距离对于理解微生物组的β多样性起到至关重要的作用。目前针对宏基因组的距离计算方法往往忽略了物种之间的进化关系，抑或是舍弃

评级：0 浏览量：34 收藏量：0 资源大小：15.6MB 上传时间：2022-08-08

DMS算法基于物种水平的生物分类学和系统发育信息对宏基因组进行全面比较s1 摘要：精确、全面地计算宏基因组样本之间的距离对于理解微生物组的β多样性起到至关重要的作用。目前针对宏基因组的距离计算方法往往忽略了物种之间的进化关系，抑或是舍弃

评级：0 浏览量：26 收藏量：0 资源大小：958KB 上传时间：2022-08-08

archaeopteryx-js:Archaeopteryx.js是用于高度注释的系统发育树的可视化和分析的软件工具 Archaeopteryx.js是用于高度注释的系统发育树的可视化和分析的软件工具。 网站 npm 的GitHub 例子 真核生物的生命之树： 可视化效果： RAxML示例： MSA残留可视化： 布尼亚病毒科糖蛋白 Bcl-2蛋白 预设搜寻...

评级：0 浏览量：115 收藏量：0 资源大小：196KB 上传时间：2021-04-28

phyloFlash:phyloFlash-快速重建SSU rRNA并探索照明（元）基因组数据集的系统发育组成的管道 phyloFlash是快速重建SSU rRNA并探索Illumina（元）基因组或转录组数据集系统发育组成的管道。 注意版本3更改了一些输入选项，还更改了如何处理基于映射的分类单元（NTU）。 请下载旧版本的v2.0的最新版本（ ）。 ...

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