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Migrate Documentation

Version 3.2.1

Peter Beerli

Department of Scientiﬁc Computing

Florida State University

Tallahassee, FL 32306-4120

email:b eerli@fsu.edu

Last update: May 16, 2012

Started: January 1, 1997

Menu and Options 23

Data type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

Input/Output formats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32

Input formats (common to MLA and BA) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32

Output formats (common to MLA and BA) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34

Output formats (unique to MLA) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

Output formats (unique to BA) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

Start values for the Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38

calculation (for Start value only) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

Migration model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

Geographic distance between locations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

Search strategy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43

Maximum likelihood inference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43

Bayesian method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46

Parmﬁle speciﬁc commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51

How to run migrate 51

Bayesian inference 52

Prior distribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53

Proposal distribution: Slice sampling versus Metropolis-Hastings sampling . . . . . . . . 53

Posterior distribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

Prior distributions: choice and problems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

Likelihood ratio tests and proﬁle likelihood 54

Likelihood ratio test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55

Proﬁle likelihood . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58

Model selection 59

Performance of migrate 59

Quick guide for achieving “good” results with migrate 64

Monitoring progress . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64

Maximum likelihood inference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64

Bayesian inference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65

Run time and accuracy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65

Quick guide for achieving “good” results with migrate . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66

Presentation of results 67

Maximum likelihood inference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

Walk through an outﬁle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

Bayesian inference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77

Walk through an outﬁle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77

Histograms over time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78

Events through time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78

Skyline plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78

Output that is not part of the outﬁle 80

Potential genealogy plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81

Diagnostics 82

Installation 83

Binaries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83

Source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83

Parallel migrate 83

I. Using the standard Message passing interface (MPI) . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84

II. BY HAND (not recommended) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85

What to edit in a sumﬁle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85

Frequently asked questions 88

Questions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88

General . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88

About the dataﬁle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88

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