基于知识图谱和推荐系统的药物靶标相互作用预测框架.zip

本代码使用yamanishi_08数据集，其他数据集请自行处理 进入data文件夹运行对应数据集的.py文件来下载数据集 进入eg_model文件夹运行eg_model.py来下载kge模型 <br/> 运行环境 kge_nfm.py kge_rf.py: python 3.7 Tensorflow 1.15.0 cuda 10.0 <br/> deepdti.py: Pytorch 1.11.0 cuda 11.3 <br/> 可以使用pyenv管理python版本，使用pipenv创建虚拟环境 <br/> 创建虚拟环境 在当前项目根目录下运行命令 ``` pipenv --python 3.7 ``` 安装requirements.txt中的依赖 ``` pipenv run pip install -r requirements.txt ``` 安装rdkit拓展 ``` pipenv run pip install git+https://github.com/bp-kelley/descriptastorus ``` <br/> 使用train_all.py一键运行 ``` pipenv run python train_all.py ``` <br/> 程序运行日志保存在logs文件夹 输出结果保存在output文件夹，包含曲线上的点、auc以及模型