最基本的MS-DOS系统由一个基于MBR(硬盘才有MBR,软碟没有MBR,启动磁区位于第0轨的磁区中,内容上与硬盘的MBR略有不同)的BOOT引导程序和三个文件模块组成。这三个模块是输入输出模块(IO.SYS)、文件管理模块(MSDOS.SYS)及命令解释模块。(不过在MS-DOS 7.0中,MSDOS.SYS被改为启动配置文件,而IO.SYS增加了MSDOS.SYS的功能)除此之外,微软还在零售的MS-DOS系统包中加入了若干标准的外部程序(即外部命令),这才与内部命令一同构建起一个在磁盘操作时代相对完备的人机交互环境。