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R语言热图绘制可以使用heatmap包,以下是最简单最实用的教程: 1. 安装heatmap包 ```R install.packages("heatmap") ``` 2. 加载heatmap包 ```R library(heatmap) ``` 3. 准备数据 假设我们有一个名为data的数据框,其中包含三个基因的表达量数据。 ```R data <- matrix(rnorm(100), nrow = 10, ncol = 10) rownames(data) <- paste0("Gene", 1:10) colnames(data) <- paste0("Sample", 1:10) ``` 4. 绘制热图 ```R heatmap(data) ``` 5. 自定义热图样式 可以通过设置参数来自定义热图的颜色、标签等样式。例如: ```R heatmap(data, Rowv = NA, Colv = NA, col = colorRamp2(c(min(data), max(data)), c("blue", "red")), scale="colu
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最简单最实⽤的最简单最实⽤的R语⾔热图绘制教程(没有语⾔热图绘制教程(没有R基础基础-掌握只需掌握只需10min))
从从R语⾔介绍与安装,再到出⼀个能看的热图语⾔介绍与安装,再到出⼀个能看的热图
前⾯⽤Excel绘制热图,在
熟练
的情况下,操作起来其实还是⽐较快速和⽅便的,尤其对于具
有
代码恐惧症
的朋友。教程发出去之后,即有收到消息,希望能写⼀个⽤R语⾔绘制热图的教
程。考虑到⽬前本⼈的时间和精⼒以及”⽣信札记”公众号其实关注的⼈不多,我即应下,Excel
绘制热图的推⽂阅读量超过500,我就写⼀个⽤R语⾔绘制热图的。然后….确实超过500了,那
么也不爽约,动⼿写写。
?如何写⼀个实⽤的,简单的⽤R语⾔绘制热图的教程?我想这篇推⽂得从零基础的⾓度出发,
从
偏颇的
R语⾔的介绍与安装开始。
简单介绍简单介绍R语⾔语⾔
关于R语⾔,真的要了解他是什么,权威的答案google即可。这⾥只说我个⼈有偏颇的观点,重
点在说清楚他是什么东西。R语⾔,从其名字来看,其是⼀门编程语⾔,也就是语⾔。语⾔就有
其语法,跟我们学的外语如英语的语法是⼀个概念。⼏乎每⼀门编程语⾔都需要编译器或与解
释器,这两个器的主要作⽤就是,把我们按照
某种编程语⾔
如R语⾔的语法写出来的语句,翻译
成计算机能识别的代码或并执⾏这些代码并
返回结果
。
为什么是为什么是R语⾔语⾔
计算机
绘图
或者
出图
,到底就是定点和描线,后者最终也是点。GUI软件更或者是Excel等出图软
件的操作界⾯实质是对代码的封装,将看似复杂的绘图代码隐藏起来,就如我们⼿上的智能⼿机
如iphone,⼏乎所有⼈都可以直接上⼿使⽤,⽽不需要了解到底开机关机,打开微信等的具体硬
件或者编程语⾔或代码实现。
编程语⾔有很多,⽬前也有较多的语⾔是⽀持出图的。⽽⽬前在我所了解的⽣信数据出图上,
最常见的就是
1. R (语⾔)
2. Python
R语⾔,前⾝是S语⾔,是⼀门统计学家发明的语⾔,所以事实上其天⽣善于完成统计运算,内
置了太多统计相关函数,如t.test()。⽽⽣物学研究,在现在每时每刻都产⽣⼤量数据的时间点
上,从数据中抽取出信息,⽣物学研究
⽐以往任何时候
更依赖于统计(因为….数据太多,根本
看不多来,正确的统计分析⾄少可以简化)。当然,可视化也是重点,对数据涵盖的信息进⾏
可视化,我们甚⾄使⽤⽣物学家特有的直觉,⽤我们⾃⼰专业的视⾓去观察数据。对此,R正好
两者都擅长或者现在都擅长。
R语⾔,其实存在不少⼈包括我,觉得他其实
并不太像⼀门编程语⾔
。但是这并没有所谓,我个
⼈认可的
有偏颇的观点
是:⼀门编程语⾔的流⾏,要么其设计优秀,要么具有稳定⽽活跃的社
区。设计优秀与社区活跃可以是相辅相成,但事实上只要有活跃的社区,设计是否优秀可能
暂
时
并没那么重要。为此引⼊⼀句,⼤家可以看看perl曾经的⽕爆程度。
R语⾔,就是⼀个庞⼤的帝国,他其实是⼀个全家桶,封装了各种,也调⽤了各种,包括了Java
码,C码,C++码等等。对R语⾔的基本使⽤,其实就是⽤所谓的 R 包 (R package)。每⼀个
R包的作者会把
有⽤
或者
⾃⼰觉得有⽤
的其写的函数更或者对象封装起来,最后,
对于我们使⽤者⽽⾔,就只要下载安装R包,然后准备数据和输⼊函数,得到结果
这⼀个R语⾔的使⽤逻辑简单到⼏乎所有⼈x3(重复三遍的意思)都会⽤,也⾮常适合完全没有计
算机基础的⽣物学研究⼯作者。
⽆论如何,反正⽤R就对了,R语⾔现在很⽕,即使他隐藏的复杂统计模型的同时,也隐藏了各
式各样的问题与坑。
进⼊正题进⼊正题
安装安装R语⾔的运⾏环境(解释器)语⾔的运⾏环境(解释器)
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RDSunday
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