dengdeng.rar_序列对比_序列相似度_生物信息_生物信息学

#include "stdio.h" #include "stdlib.h" #include "string.h" #include<conio.h> //#define SQ_SIZE 5000 //一条序列的最大长度 //#define SQ_NUMBER 500 int num(FILE *fp) //扫描文件，确定文件中一共多少个序列 { char data; int number=0; data=getc(fp); while(data!=EOF) { if(data=='>') number++; data=getc(fp); } return number; } void compare(char **p1,char **p2,int number1,int number2,char *filename) //比较两个文件中相同的序列 { FILE *fp; int i,j,numb1=0,numb2=0,k; int length,p,q; int *np1,*np2; np1=(int *)malloc(number1*(sizeof(int))); //申请一个一维数组用来存放文件1中序列匹配的信息，=1为匹配过，=0为没有匹配过 np2=(int *)malloc(number2*(sizeof(int))); //申请一个一维数组用来存放文件2中序列匹配的信息，=1为匹配过，=0为没有匹配过 for(i=0;i<number1;i++) //数组np1初始化 *(np1+i)=0; for(i=0;i<number2;i++) //数组np2初始化 *(np2+i)=0; if((fp=fopen(filename,"w"))==NULL) { printf("存放结果的文件打开失败\n"); exit(0); } fprintf(fp,"文件1中一共有%d条序列,文件2中一共有%d条序列,比较结果如下:\n",number1,number2); for(i=0;i<number1;i++) { numb2=0; for(j=0;j<number2;j++) { if(strcmp(*(p1+i),*(p2+j))==0) //直接匹配成功 { numb2++; numb1++; *(np1+i)=1; *(np2+j)=1; fprintf(fp,"%d-------------------%d\n",i+1,j+1); } else if(strlen(*(p1+i))==strlen(*(p2+j))) //如果没有直接匹配成功，则判断两个字符串长度是否相等，相等则把字符串2反序比较 { length=strlen(*(p1+i)); for(p=0,q=length-1;p<length&&q>=0;p++,q--) //反序比较 { if(*(*(p1+i)+p)!=*(*(p2+j)+q)) break; } if(p==length) { numb2++; numb1++; *(np1+i)=1; *(np2+j)=1; fprintf(fp,"%d-------------------%d\n",i+1,j+1); } } } if(numb2!=0) { for(k=0;k<strlen(*(p1+i));k++) if(k%50==0) fprintf(fp,"\n%c",*(*(p1+i)+k)); else fprintf(fp,"%c",*(*(p1+i)+k)); fprintf(fp,"\n\n"); } } if(numb1==0) fprintf(fp,"两个文件中没有匹配的项\n"); else { fprintf(fp,"\n匹配项共%d个\n",numb1); fprintf(fp,"\n"); for(i=0;i<number1;i++) if(*(np1+i)==0) { fprintf(fp,"文件1中序列%d没有匹配:\n",i+1); for(k=0;k<strlen(*(p1+i));k++) if(k%50==0) fprintf(fp,"\n%c",*(*(p1+i)+k)); else fprintf(fp,"%c",*(*(p1+i)+k)); fprintf(fp,"\n\n"); } for(i=0;i<number2;i++) if(*(np2+i)==0) { fprintf(fp,"文件2中序列%d没有匹配:\n",i+1); for(k=0;k<strlen(*(p2+i));k++) if(k%50==0) fprintf(fp,"\n%c",*(*(p2+i)+k)); else fprintf(fp,"%c",*(*(p2+i)+k)); fprintf(fp,"\n\n"); } } fclose(fp); free(np1); free(np2); } int main() { FILE *fp1,*fp2; int number1,number2; //存放文件中一共有多少条序列 int numb=0; char data; char filename1[50],filename2[50],filename3[50]; //存放文件名 char **p1,**p2; long index; char *sq; int i,j; //循环变量 //-------------------------打开文件-------------------------- printf("输入文件1路径:\n"); //输入文件名1 scanf("%s",filename1); if((fp1=fopen(filename1,"r"))==NULL) //打开文件 { printf("文件1打开失败\n"); exit(0); } printf("输入文件2路径:\n"); //输入文件名2 scanf("%s",filename2); if((fp2=fopen(filename2,"r"))==NULL) //打开文件 { printf("文件2打开失败\n"); exit(0); } printf("输入结果文件的路径:\n"); scanf("%s",filename3); //-------------------确定文件1 和文件2 的序列条数-------------------- number1=num(fp1); number2=num(fp2); if(number1==0||number2==0) { printf("文件中的格式不正确\n"); exit(0); } //--------------------动态申请存放文件1 的空间和存放文件2 的空间----------------- p1=(char **)malloc(number1*sizeof(char *)); //存放文件1所有序列的指针 p2=(char **)malloc(number2*sizeof(char *)); //存放文件2所有序列的指针 //------------------------------读取文件1----------------------------------- fseek(fp1,0L,SEEK_SET); //文件1指针回到文件开始地方 clearerr(fp1); for(j=0;j<number1;j++) { numb=0; while(getc(fp1)!='\n'); index=ftell(fp1); //用index记录当前的指针位置 data=getc(fp1); while(data!='>'&&data!=EOF) //获取当前一条序列的长度 { if(data!='\n') numb++; data=getc(fp1); } sq=(char *)malloc((numb+1)*sizeof(char)); //申请当前一条序列的空间 fseek(fp1,index,SEEK_SET); //把指针定位到序列开始之前的一个位置 numb=0; data=getc(fp1); while(data!='>'&&data!=EOF) { if(data!='\n') { *(sq+numb)=data; numb++; } data=getc(fp1); } *(sq+numb)='\0'; //在序列的末尾标记序列的结束 *(p1+j)=sq; getc(fp1); } //------------------------读取文件2-------------------------------- fseek(fp2,0L,SEEK_SET); //文件1指针回到文件开始地方 clearerr(fp2); for(j=0;j<number2;j++) { numb=0; while(getc(fp2)!='\n'); index=ftell(fp2); //用index记录当前的指针位置 data=getc(fp2); while(data!='>'&&data!=EOF) //获取当前一条序列的长度 { if(data!='\n') numb++; data=getc(fp2); } sq=(char *)malloc((numb+1)*sizeof(char)); //申请当前一条序列的空间 fseek(fp2,index,SEEK_SET); //把指针定位到序列开始之前的一个位置 numb=0; data=getc(fp2); while(data!='>'&&data!=EOF) { if(data!='\n') { *(sq+numb)=data; numb++; } data=getc(fp2); } *(sq+numb)='\0'; //在序列的末尾标记序列的结束 *(p2+j)=sq; getc(fp2); } //-------------------------关闭文件----------------------------- fclose(fp1); //关闭文件1 fclose(fp2); //关闭文件2 //-------------------------比较两个文件----------------------- compare(p1,p2,number1,number2,filename3); //-------------------------释放指针------------------------------- for(i=0;i<number1;i++) //释放文件1中的序列指针 free(*(p1+i)); for(i=0;i<number2;i++) //释放文件2中的序列指针 free(*(p2+i)); free(p1); //释放文件1指针 free(p2); //释放文件2指针 getchar(); getchar(); }