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pomoxis:牛津纳米Kong研究的分析成分
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2021-05-10
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Pomoxis-用于纳米Kong研究的生物信息学工具 Pomoxis包含一组专门为纳米Kong测序量身定制的基本生物信息学工具。 值得注意的是,包括了用于生成和分析草图装配的工具。 牛津纳米Kong技术公司的研究数据分析小组使用了许多这样的工具。 可以在上找到文档。 :copyright:2018牛津纳米Kong技术有限公司。 特征 用已知的良好默认参数和使用方法包装第三方工具。 使用所有第三方工具创建隔离的环境。 可以与conda一起安装。 简化常见的简短分析链。 集成到以执行更复杂的分析管道。 开源(Mozilla Public License 2.0)。 兼容性 Pomoxis是在Ubuntu 16.04上开发的,其他最新的linux也应具有相同的兼容性(请参见下面的构建说明)。 众所周知,Pomoxis至少可以在某些MacOS High Sierra配置上运行,尽管已知某些组件(尤其是
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pomoxis-master.zip (34个子文件)
pomoxis-master
pomoxis
assess_homopolymers.py 13KB
common_errors_from_bam.py 6KB
subsample_bam.py 12KB
__init__.py 1KB
trim_alignments.py 4KB
stats_from_bam.py 9KB
ref_seqs_from_bam.py 888B
summary_from_stats.py 4KB
qscores_from_summary.py 2KB
find_indels.py 5KB
util.py 15KB
catalogue_errors.py 43KB
coverage_from_bam.py 4KB
bio.py 3KB
setup.py 5KB
.gitignore 117B
images
ONT_logo_590x106.png 35KB
requirements.txt 286B
Makefile 5KB
LICENSE.md 15KB
prog_docs.py 2KB
.gitlab-ci.yml 3KB
.travis.yml 784B
MANIFEST.in 115B
CHANGELOG.md 582B
.gitmodules 0B
scripts
mini_assemble 8KB
intersect_assembly_errors 2KB
mini_align 5KB
assess_assembly 4KB
README.md 6KB
docs
index.rst 6KB
conf.py 10KB
programs.rst 4KB
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Compass宁
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