没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
chicken-and-egg
共30个文件
sh:13个
mdp:4个
yaml:2个
需积分: 5 0 下载量 179 浏览量
2021-04-18
03:36:21
上传
评论
收藏 32KB ZIP 举报
温馨提示
鸡和鸡蛋的分子动力学 此回购包含Jupyter笔记本,用于生成蛋白质结构的随机地标,导出适当的集合变量并运行蛋白质展开-折叠的元动力学模拟。 笔记本必须在具有所有Python依赖项的Docker容器中运行,并且必须从Dockerhub下载预构建的Gromacs + Plumed单独映像。 提供了定义此类容器的Dockerfile。 使用提供的build.sh脚本自己构建容器,然后使用run.sh运行它(最终修改容器名称和端口以进行监听)。 如果可以使用 ,则可以使用它,并且可以进行GPU加速。 当前版本仅适用于Cuda10.x。 工作目录以及/var/run/docker.sock都安装在容器中,以便可以从内部调用同级容器(运行gromacs)。 笔记本将创建一个从PDB输入文件名派生的子目录,并将所有结果放在此处。 无论哪种情况,都请转到index.ipynb并享受! 如何引用
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
chicken-and-egg-master.zip (30个子文件)
chicken-and-egg-master
Dockerfile 3KB
nvt.mdp 2KB
minim-sol.mdp 1KB
docker-batch-template.sh 2KB
prep-01.sh 146B
chicken-and-egg-in-singularity.sh 2KB
.gitlab-ci.yml 390B
k8s
apply.sh 6KB
rolebind.yaml 228B
role.yaml 546B
md.mdp.template 3KB
rerun-md2-batch.sh 335B
LICENSE 251B
ncores.sh 229B
README.md 1KB
run.sh 587B
VERSION 13B
ions.mdp 1KB
qsub-extend.sh 3KB
rerun-md2.sh 414B
chicken-and-egg.ipynb 41KB
minim.mdp.template 697B
gmx-k8s 2KB
start-notebook.sh 192B
build.sh 637B
rerun.sh 816B
xvg.py 264B
minim.sh 1KB
gmx-docker 4KB
npt.mdp 3KB
共 30 条
- 1
资源评论
Compass宁
- 粉丝: 30
- 资源: 4643
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功