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findNeighbour2:比较大量细菌序列
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2021-05-16
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抽象的 findNeighbour2是一个服务器应用程序,用于使用参考映射的数据调查细菌的相关性。 findNeighbour2可通过RESTful Web服务访问,它在数据库中维护稀疏距离矩阵以用于序列收集。 需要提供最大可存储距离(例如20或50 SNP)。 高于此距离的距离不会被缓存。 findNeighbour2支持样本的增量添加,并且对于给定的样本,允许查询标识具有毫秒响应时间的相似序列。 服务的输入是包含DNA序列信息的字符串,通常是通过映射和碱基检出生成的,然后以FASTA或其他格式存储。 可以使用包含DNA序列信息和单核苷酸多态性阈值的字符串查询该服务。 它返回相似样本的列表。 该软件旨在用于细菌基因组测序的映射数据,并经过了广泛测试。 它是“计划的一部分,也使用它。 要求 findNeighbour2完全用python编写,具有三个主要组件: webservice
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findNeighbour2:比较大量细菌序列 (238个子文件)
bugmat_snp.7z 12.91MB
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寂寞孩纸
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