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deboever-sf3b1-2015:再现SF3B1研究的代码
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2021-05-25
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DeBoever等。 2015年 该存储库旨在允许进行复制 在一些耗时的步骤(例如读取映射,表达式估计等)之后开始的。有关耗时的步骤的信息可从本文的“方法”部分获得。 这个git储存库保存了IPython笔记本和复制研究所需的代码。 其他数据在该Figshare集中可用,并且在尝试复制研究之前必须下载其他数据。 克隆此Github存储库后,您可以使用figshare_download笔记本从Figshare下载数据。 如果您在复制结果时遇到任何麻烦,请使用Github的问题跟踪工具让我知道。 如果您在安装依赖项时遇到问题,请尝试使用那些软件的帮助资源。 概述 这是检查代码和复制研究所需的步骤: 从Github克隆此存储库 安装依赖 使用figshare_download笔记本从Figshare下载数据 使用ext_data笔记本从外部源下载数据 运行所需的笔记本 从Github克隆
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deboever-sf3b1-2015-master.zip (32个子文件)
deboever-sf3b1-2015-master
.gitmodules 446B
R_env.txt 3KB
R_env.Rscript 187B
conda_env.txt 3KB
submodules
pybeeswarm
figshare
cdpybio
sj2psi
ds2014
ds2014
fig.py 6KB
__init__.py 11KB
setup.py 998B
.gitignore 666B
README.md 6KB
notebooks
branch_point_analysis.ipynb 34KB
figure03.ipynb 25KB
sfigure04.ipynb 94KB
susceptible_introns.ipynb 30KB
deseq2.ipynb 395KB
figure01.ipynb 115KB
numbers_from_paper.ipynb 23KB
ext_data.ipynb 4KB
figshare_download.ipynb 53KB
supporting_files.ipynb 76KB
figure04.ipynb 52KB
ferreira_comparison.ipynb 22KB
sfigure03.ipynb 35KB
sfigure02.ipynb 46KB
sfigure01.ipynb 20KB
dexseq.ipynb 29KB
figure02.ipynb 20KB
sfigure06.ipynb 50KB
gencode_sjout_express_processing.ipynb 35KB
figshare_upload.ipynb 12KB
sfigure05.ipynb 25KB
junction_coverage_filtering.ipynb 226KB
manifest.tsv 32KB
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cocoaitea
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