phrynomics-data:这是来自 phrynomics 项目的工作流和数据的存储库

phrynomics-数据 这是来自 phrynomics 项目的工作流和数据的存储库。 phrynomics 软件包是一套单独的 SNP 数据工具。 见 文件 我们展示了这个存储库中的所有文件，以最大限度地提高开源可重复性。 phrynomicsFunctions.R 文件包含许多不属于通用 phrynomics 包的自定义函数。 其中许多是针对我们的特定数据集进行硬编码的。 这些功能的范围从设置分析到抓取结果文件以获取信息。 其中一些功能已弃用，仅在数据探索期间使用。 文件 phrynoSetup.R 是我们用来操作从 pyRad 获得的 phrynosoma SNP 数据集的 R 脚本。 该文件包括（注释掉的）shell 和 perl 脚本，用于在 UW 集群上运行我们的所有分析。 Rscripts 目录中的文件和文件 master.sh 和 sim.ctl 用于模拟。 si