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snorkeling:使用Snorkel from从文献中提取生物医学关系:person_swimming:
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浮潜 该存储库存储数据和代码,以扩大从Pubmed摘要中提取生物医学关系(即疾病与基因的关联,与基因结合的化合物,基因与基因的相互作用等)的规模。 折旧说明 该项目的更新版本可以在以下位置找到: 。 可以在先前提供的链接中找到有关存储库的新更改。 快速简介 这项工作使用的子集(在下面的资源架构中),该子集是一个异构网络,其中包含节点和边缘形式的药理和生物信息。 该网络由可公开获取的数据组成,这些数据通常是通过人工策划来填充的。 随着出版物数量的不断增加,手动策展既耗时又难以扩展。 最近推出的“”范式可以快速生成大型带注释的数据集,从而可以解决此问题。 该范例将远程监管与简单的规则和启发式功能结合在一起,这些规则和启发式功能被标记为功能来自动注释大型数据集。 不幸的是,编写有用的标签功能需要花费大量时间和精力。 因此,我们旨在通过跨边缘类型重复使用标签功能来加快此过程。 在阅读全文。 目录
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snorkeling:使用Snorkel from从文献中提取生物医学关系:person_swimming: (822个子文件)
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disease_associates_gene_word_vectors.bin 134B
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label_sampling_experiment.ipynb 372KB
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label_sampling_experiment.ipynb 362KB
disc_model_analysis.ipynb 348KB
disc_model_analysis.ipynb 344KB
disc_model_analysis.ipynb 326KB
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disc_model_figure_generator.ipynb 304KB
discriminator_model_benchmarking.ipynb 294KB
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edge_prediction_experiment.ipynb 125KB
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edge_prediction_experiment.ipynb 121KB
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disc_model_off_label_analysis.ipynb 87KB
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model_calibration_experiment.ipynb 65KB
dataset_statistics.ipynb 64KB
dataset_statistics.ipynb 63KB
model_calibration_experiment.ipynb 62KB
dataset_statistics.ipynb 62KB
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coco_score.ipynb 57KB
coco_score.ipynb 51KB
coco_score.ipynb 49KB
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embed_sentences.ipynb 19KB
generate_word_vectors.ipynb 17KB
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