# NemaNode
Interactive map of nervous system wiring in the nematode _C. elegans_. Live at [NemaNode.org](https://nemanode.org/).
## Required software
- [Node.js](https://nodejs.org/en/) >= 11.15.0
- [MySQL](https://www.mysql.com/downloads/) >= 5.6
- [GCC/g++ compiler](https://packages.ubuntu.com/focal/build-essential)
## Development setup
1. Setup MySQL if first-time use: `sudo mysql_secure_installation`
2. Install app dependencies by running `npm install`
3. Setup MySQL user and database: `scripts/setup_config.sh nemanode nemanode_user password | sudo mysql`
4. Populate database: `npm run populate-database`
## Commands
Once setup is completed, you will be able to run the following commands in this project directory:
- `npm run watch` or `npm start`: start a app server to test alongside development (localhost:3000)
- `npm run build-prod`: build the production version of the app
- `npm run test`: run the tests
- `populate-database`: take the raw data in src/server/db/raw-data and populate the mysql db with it
## Documentation
For more information on how to do various things read the documentation
- [Understanding the data used in nemanode](https://bitbucket.org/witvliet/nemanode/src/development/docs/understanding-nemanode-data.md)
- [Adding new data to nemanode](https://bitbucket.org/witvliet/nemanode/src/development/docs/adding-new-data.md)
- [Deployment to AWS](https://bitbucket.org/witvliet/nemanode/src/development/docs/deployment-to-aws.md)
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NemaNode:线虫秀丽隐杆线虫的神经连接的互动地图。 在http上在线
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2021-05-05
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NemaNode 在线虫秀丽隐杆线虫的神经系统布线的交互式地图。 直播在。 所需软件 > = 11.15.0 > = 5.6 开发设置 如果是首次使用,请设置MySQL: sudo mysql_secure_installation 通过运行npm install安装应用程序依赖项 设置MySQL用户和数据库: scripts/setup_config.sh nemanode nemanode_user password | sudo mysql scripts/setup_config.sh nemanode nemanode_user password | sudo mysql 填充数据库: npm run populate-database 指令 设置完成后,您将能够在此项目目录中运行以下命令: npm run watch或npm start :启动应用程序服务器以与开
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NemaNode:线虫秀丽隐杆线虫的神经连接的互动地图。 在http上在线 (180个子文件)
.babelrc 92B
icomoon.eot 11KB
.gitignore 206B
ntv-direction-axis.glb 454KB
webpack-template.index.html 27KB
favicon.ico 1KB
model-cytoscape-adaptor.test.js 28KB
network.js 27KB
trajectory-visualization.js 23KB
index.js 16KB
orthographic-trackball-controls.js 15KB
network-style.js 14KB
test_populate_database.js 13KB
cytoscape-adaptor.js 11KB
trajectory-ui.js 11KB
tour-steps.js 10KB
options.js 8KB
popup.js 8KB
help.js 7KB
groups.js 7KB
cookies.js 6KB
model.split-join.test.js 6KB
data-service.js 6KB
model.setters.test.js 6KB
split-join.js 6KB
nematode-connections.js 6KB
input.js 5KB
model.groups.test.js 5KB
index.js 5KB
init.js 5KB
cell-info.js 4KB
webpack.config.js 4KB
hidden.js 4KB
searchbar.js 4KB
populate-connections.js 4KB
services.js 4KB
load-data.js 4KB
model.summary.test.js 4KB
index.js 4KB
notification.js 4KB
legend.js 4KB
graph.js 3KB
nematode-neuron-trajectories.js 3KB
tour.js 3KB
index.js 3KB
index.js 3KB
data-service.test.js 3KB
nematode-connections.test.js 3KB
setters.js 2KB
model.hide.test.js 2KB
layout.js 2KB
model.position.test.js 2KB
position.js 2KB
ui-constants.js 2KB
routes.js 2KB
cell-info.test.js 2KB
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index.js 2KB
.eslintrc.js 2KB
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model.grow.test.js 2KB
grow.js 2KB
model.graph.test.js 1KB
model.input.test.js 1KB
model.layout.test.js 1KB
summary.js 1KB
index.js 1KB
index.js 1KB
hidden.js 996B
EventEmitter.js 845B
selected.js 834B
nematode-cells.js 826B
config.js 660B
nematode-cells.test.js 608B
populate-neuron-trajectories.js 570B
populate-cells.js 567B
download-data.js 565B
populate-datasets.js 539B
logger.js 422B
after-tests.js 359B
before-tests.js 346B
nematode-datasets.js 277B
base-view.js 215B
register-cytoscape-extensions.js 202B
jest.config.js 190B
witvliet_2020_8.json 16.33MB
witvliet_2020_5.json 11.46MB
witvliet_2020_7.json 10.48MB
witvliet_2020_6.json 6.76MB
witvliet_2020_4.json 5.89MB
witvliet_2020_3.json 5.12MB
witvliet_2020_1.json 4.55MB
witvliet_2020_2.json 4.4MB
witvliet_2020_8.json 867KB
witvliet_2020_7.json 834KB
package-lock.json 639KB
witvliet_2020_5.json 561KB
witvliet_2020_6.json 543KB
witvliet_2020_4.json 394KB
white_1986_whole.json 367KB
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Mika.w
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