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AHRD:具有人类可读描述(HRD)和基因本体论(GO)术语的高通量蛋白质功能注释
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2021-05-14
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自动分配人类可读描述( AHRD ) 序列数据库中的简短描述对于快速了解有关序列的重要信息(例如在搜索结果中)很有用。 我们开发了一个名为“人类可读描述的自动分配”( AHRD )的新程序,旨在选择简洁,内容丰富且精确的描述和基因本体术语。 AHRD的性能优于竞争方法,并且可以克服由错误注释,缺少相似序列和部分比对引起的问题。 目录 制表符分隔表 Fasta格式 使用BLASTX结果运行AHRD 参数优化并行优化 计算所选参数集的F分数 算法 伪代码 使用的公式和参数 参数 控制表格序列相似性搜索结果表的解析的参数 控制基因本体术语注释的参数 优先选择参考蛋白作为具有GO Term注释的候选蛋白 自定义参考基因本体注释自定义基因本体数据库 测验 执照 作者 参考 1入门 1.1要求 AHRD是一个Java程序,需要Java 1.7或更高版本以及ant 。 1.2安装 1.2.1
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AHRD:具有人类可读描述(HRD)和基因本体论(GO)术语的高通量蛋白质功能注释 (151个子文件)
blast2go_out.annot 300B
trembl_patternTest.blastout 26KB
tair_patternTest.blastout 4KB
sprot_patternTest.blastout 2KB
.classpath 1KB
go_results.csv 216B
batch001.csv 0B
batch002.csv 0B
batch003.csv 0B
interpro.dtd 5KB
prot_patternTest.fa 197B
md_swissprot_batch_1.fasta 485KB
md_swissprot_batch_1_accs.fasta 453KB
trembl_blast_db.fasta 449KB
bgh04634_trembl_database.fasta 276KB
swissprot_blast_db.fasta 198KB
tair_blast_db.fasta 172KB
proteins_4_test_run.fasta 1KB
proteins.fasta 1KB
references.fasta 1KB
batch001.fasta 0B
batch003.fasta 0B
batch002.fasta 0B
.gitignore 722B
.gitignore 71B
xalan.jar 2.94MB
mysql-connector-java-5.1.35-bin.jar 946KB
dtd-xercesImpl.jar 531KB
xom-1.2.6.jar 303KB
demos-1.7.1.jar 274KB
junit-4.9b2.jar 240KB
xml-apis.jar 191KB
serializer.jar 184KB
jgrapht-jdk1.5.jar 162KB
commons-collections-2.1.jar 161KB
yamlbeans-1.06.jar 128KB
jarjar-1.0.jar 110KB
commons-dbcp-1.1.jar 98KB
bytecode.jar 91KB
commons-pool-1.1.jar 39KB
objenesis-1.2.jar 35KB
commons-cli.jar 29KB
apps-1.7.1.jar 7KB
Settings.java 36KB
BlastResult.java 23KB
Parameters.java 16KB
Batcher.java 14KB
ParametersTest.java 14KB
BlastResultTest.java 13KB
EvaluationScoreCalculatorTest.java 12KB
Trainer.java 12KB
EvaluationScoreCalculator.java 12KB
TokenScoreCalculator.java 11KB
TrainerTest.java 10KB
AHRD.java 10KB
TokenScoreCalculatorTest.java 9KB
OutputWriter.java 9KB
InterproResult.java 9KB
TrainerBatcher.java 8KB
Protein.java 8KB
TestUtils.java 7KB
SettingsTest.java 7KB
ReferenceDescriptionTest.java 6KB
DescriptionScoreCalculator.java 5KB
ProteinTest.java 5KB
InterproResultTest.java 5KB
BatcherTest.java 5KB
TrainerOutputWriter.java 4KB
TrainerBatcherTest.java 4KB
Evaluator.java 4KB
DescriptionScoreCalculatorTest.java 4KB
AbstractOutputWriter.java 4KB
Blast2GoAnnotTest.java 3KB
EvaluatorTest.java 3KB
ReferenceGoAnnotationsTest.java 3KB
AhrdTest.java 3KB
Blast2GoAnnot.java 3KB
LexicalScoreCalculatorTest.java 3KB
Utils.java 3KB
ReferenceGoAnnotations.java 2KB
UtilsTest.java 2KB
ReferenceDescription.java 2KB
TestRegexs.java 2KB
GOterm.java 2KB
LexicalScoreCalculator.java 1KB
FastaOutputWriter.java 718B
SequenceSimilarityTabularSearchResultParserTest.java 396B
AhrdTestRun.java 367B
MissingAccessionException.java 270B
MissingProteinException.java 263B
MissingInterproResultException.java 233B
IOutputWriter.java 133B
SequenceSimilarityTabularSearchResultParser.java 83B
formulae.jpg 495KB
MANIFEST.MF 33B
batch002.pairwise 0B
batch003.pairwise 0B
batch001.pairwise 0B
batch002.pairwise 0B
batch003.pairwise 0B
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KingstonChang
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