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javamage:多重基因组自动化工程Oligo选择优化工具
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Java法师 什么是Javamage Javamage是Merlin的Java部分 梅林由... 前端:这是用户与Merlin输入和输出进行交互的方式 服务器:它处理前端发出的简单GET和POST请求。 然后,服务器使用Javamage进行运行优化 Javamage:这是一个Java软件包,用于对该软件包执行Merlin Analysis 如何使用Javamage 有关所有工作原理的更详细说明,请参见javadoc。 设置和要求 Merlin具有以下基于Java的要求。 这些是.jar文件,可以在/javamage/lib文件夹中找到 BioJava 3.0 [顺序,对齐,核心] Javaplot [用于分析的绘图库] Merlin需要遵循以下EXTERNAL依赖项 makeblastdb随NCBI Blast + Standalone一起提供 blastn随附NCBI Blas
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javamage:多重基因组自动化工程Oligo选择优化工具 (109个子文件)
.classpath 761B
ecoli.fasta 5.32MB
MG1655.fasta 4.49MB
query.fasta 6KB
galK.fasta 1KB
gfp.fasta 795B
query.fasta 190B
oligo.fasta 98B
genome.ffn 5.24MB
ecoli.ffn 5.24MB
genome.ffn 5.24MB
oligo.ffn 183B
.gitignore 681B
Oligo.java 33KB
Anneal.java 19KB
TestOligoStats.java 18KB
PCR.java 16KB
TestPrimerFactory.java 13KB
Merlin.java 11KB
PrimerFactory.java 11KB
OutputTools.java 11KB
TestAnneal.java 11KB
TestingSandbox.java 10KB
OligoStats.java 10KB
TestPCR.java 9KB
OligoTesting.java 8KB
TestOutputTools.java 8KB
Melt.java 7KB
Natural.java 7KB
BLAST.java 7KB
GenbankWriter.java 7KB
Mistarget.java 6KB
Plot.java 6KB
Optimize.java 5KB
PrimaryScore.java 5KB
TestDSDNA.java 4KB
TestDiversityPrediction.java 4KB
Comparator.java 3KB
ExhaustiveSearch.java 3KB
Heuristic.java 3KB
MistargetTesting.java 3KB
Optimize.java 3KB
DSDNA.java 3KB
Primer.java 3KB
TextFile.java 3KB
AnnealParameters.java 3KB
Oligo.java 3KB
PlotData.java 2KB
OligoScore.java 2KB
MFOLD.java 2KB
testDGScoring.java 2KB
TestReplacementPrediction.java 2KB
TestBlastGenome.java 2KB
Parser.java 2KB
Target.java 2KB
Deletion.java 2KB
TestMelt.java 2KB
FASTA.java 2KB
FreeEnergy.java 2KB
GenbankTester.java 1KB
InsertionSet.java 1KB
BlastGenome.java 1KB
DeletionSet.java 1KB
FreeEnergy.java 1KB
MistargetSet.java 1KB
Mismatch.java 956B
Merlin.java 849B
Blast.java 794B
BlastOligo.java 731B
TestArtificial.java 713B
Overlap.java 679B
BlastGenomeTotal.java 651B
TargetTesting.java 645B
Constants.java 641B
Constants.java 637B
BLAST_Tool.java 634B
getMinimumTest.java 614B
testParser.java 610B
TestReverseCompliment.java 592B
FASTA.java 466B
testComparator.java 443B
SequenceTools.java 435B
Flags.java 255B
OligoType.java 220B
TestConstants.java 170B
TestInsertionSet.java 160B
TestDeletionSet.java 49B
TestMismatchSet.java 49B
readme.md 3KB
genome.db.nhr 147B
genome.db.nin 144B
genome.db.nsq 1.31MB
.project 367B
.project 367B
.project 201B
merlinmelt.py 2KB
oligo-local.seq 100B
testwrite 1016B
genome.txt 34KB
validationOligos.txt 29KB
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清木一阳
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