sbml-compiler:从 SBML 级别 2 版本 1 文件在 FORTRAN 中生成 DAE 代码，用于数值优化中的高性...

de.dkfz.tbi.sbml编译器 概述 这个 Java 包从任何连续的级别 2 版本 1 模型生成 FORTRAN 中的 DAE 代码。 SbmlCompiler 分析 SBML 模型的评估依赖性，并在 FORTRAN 中最小化生成微分方程的函数FFCN和代数方程的GFCN ，并带有装饰符号以链接到数值优化软件。 可以指示 SbmlCompiler 也生成一个PLOT函数或测量函数MFCN 。 显着特点 可以通过编程方式替换依赖图的元素，以根据实验设置操作模型。 例如，如果配体浓度可以通过实验DiffStateCoder ，则getDefaultBindings()返回的绑定中配体浓度的DiffStateCoder对象可以替换为ControlCoder对象。 这使得 SbmlCompiler 可用于支持基于细胞或体外检测的参数估计活动。 产生SbmlCompiler任何FORTRA