MonaLisa:生物化学中功能模块的可视化和分析。 网路-开源

MonaLisa使用Petri网络表示法来建模和分析生化网络。 在此，路径的所有React均通过其代谢物和React进行建模。 这些分别以不同种类的顶点，代谢物（如圆）和React（如矩形）来预设。 Petri网形式主义提供了多种数学分析方法，可以检查模型的结构性缺陷或识别生物学模块。 此外，MonaLisa可以使计算结果可视化，从而可以进行快速的目视检查。 这将特别有助于处理大型模型。