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sita_eisa
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2021-02-10
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使用EISA的SITA分析管道 使用选定实验条件的外显子-内含子分裂分析(EISA)进行成对比较可视化和应力诱导转录衰减(SITA)分析的管道。 该管道使用编写,并具有Python和R脚本,适合与HPC系统一起使用。 目录 待定 背景 SITA是在压力诱导后细胞中快速诱导的过程,引起全局转录变化,其中下调的基因比例远大于此过程中上调的基因比例。 待定 <<<<<<< HEAD 建立 剧本 待定 目录结构 由于该管道旨在在每次运行时处理单个GSE的所有选定SRR / GSM,因此当前有必要遵循以下目录体系结构。 每个GSE都有一个单独的文件夹,其中包含SraRunTable.txt元数据表。 在运行管道的第一步时,将自动生成子文件夹fastq,bam,缓存和已处理。 待定-制作图表 要求 Python(≥v3.x)和软件包: 熊猫(≥v0.25.3) bs4(≥v4.8.2) R(≥
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sita_eisa (120个子文件)
.bashrc 1KB
.DS_Store 10KB
.DS_Store 10KB
.gitignore 60B
ATT00001.htm 47KB
SITA_EISA_analysis.nb.html 1.59MB
Sawarkar_GSE103719_eisaR.html 960KB
DMSO_RNAseq_rep1_fastqc.html 221KB
eisa_metadata_analysis.ipynb 16KB
intron_exon_analysis.ipynb 10KB
README.md 4KB
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slurm-26934593.out 379KB
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slurm-27654932.out 2KB
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01_download_ena.py 3KB
generate_samplefile.py 2KB
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02_alignment_and_counting.R 8KB
sita_eisa_all.R 7KB
eisa_stepbystep.R 4KB
statistical_analysis.R 4KB
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03_eisa.R 3KB
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04_statistical_analysis.R 2KB
EISA_edgeR_R-code.R 2KB
further_analysis.R 2KB
eisar_tutorial.R 1KB
EISA_fitCircadianPhases_R-code.R 1KB
03_deseq2.R 1KB
intron_exon_analysis.R 0B
.RData 3.57MB
.Rhistory 20KB
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