NGSchallenge:在ASM NGS 2015大会上的爆发调查软件挑战会议的数据

2015年ASM NGS挑战赛 在ASM NGS 2015大会上的爆发调查软件挑战会议的数据 ## Pathogen监视软件演示 指示 ＃＃＃概述 请注意，该挑战包括来自现场和临床来源的沙门氏菌和李斯特菌分离株的序列数据。 由于数据是“真实的”，因此对于无法解析的分离株的推断关系无疑会存在一些歧义。 因此，鼓励与会者在演讲中提供有关他们如何得出结论的详细信息，而不是简单地显示结果。 对于每个数据集，要求参与者定义什么构成匹配/包含，不匹配/排除以及模棱两可/不确定的结果。 此类标准的示例包括基于SNP，MLST，wgMLST等的临界值，阈值或赔率/概率。 结果应记录在所附电子表格的“结果”表中，其中描述了分离株。 鼓励参与者提交支持信息，例如距离，SNP，MLST表和矩阵。 数据集1：单核细胞增生李斯特菌 ###### BioProject （随附的电子表格中提供了SRA登录。