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hh-suite:远程蛋白质同源性检测套件
共528个文件
h:319个
cpp:44个
dat:32个
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2021-02-01
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HH-suite3用于敏感序列搜索 (C)约翰内斯·索丁,马库斯·迈耶,马丁·斯坦纳格,米洛·米尔迪塔,迈克尔·雷默特,安德里亚斯·豪瑟,安德里亚斯·比格特 HH-suite是一个开放源代码软件包,用于基于隐马尔可夫模型(HMM)的成对比对进行敏感蛋白质序列搜索。 文献资料 我们提供了一个详尽的,其中包含许多用法示例,常见问题解答和用于构建自己的数据库的指南。 安装 还可以通过下载静态编译的版本或来安装HH-suite3。 HH-suite3需要64位系统(使用uname -a | grep x86_64检查)。 在AMD / Intel CPU上,它至少需要支持SSE2指令集(通过在Linux上执行cat /proc/cpuinfo | grep sse2或在macOS上执行sysctl -a | grep machdep.cpu.features | grep SSE2进行检查)。 与SSE2相比, AVX2速度大约快2倍。 HH-suite3还可以在具有ARM64和PPC64LE CPULinux系统上使用。 可在找到所有受支持系统的预编译二进制文件。 # install v
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hh-suite:远程蛋白质同源性检测套件 (528个子文件)
test.a3m 1020KB
query.a3m 31KB
cuser_form52_wrap.c 106KB
cuser_form54_wrap.c 95KB
cuser_form56_wrap.c 95KB
cuser_form_wrap.c 88KB
ffindex_apply_mpi.c 17KB
ffindex.c 17KB
ffindex_build.c 8KB
cuser_form.c 8KB
cuser_form54.c 7KB
cuser_form52.c 7KB
ffindex_from_fasta_with_split.c 7KB
cuser_form56.c 5KB
ffindex_from_fasta.c 5KB
ffindex_modify.c 4KB
ffindex_order.c 4KB
ffindex_get.c 4KB
ffindex_reduce.c 4KB
fmemopen.c 3KB
ffindex_unpack.c 2KB
mpq.c 2KB
ffutil.c 2KB
as.cc 15KB
blosum_matrix.cc 7KB
aa.cc 5KB
getopt_pp.cc 5KB
application.cc 4KB
log.cc 3KB
assert_helpers.cc 1KB
cstranslate_mpi_app.cc 920B
cstranslate_app.cc 909B
FindUBSan.cmake 4KB
FindASan.cmake 4KB
CheckSSEFeatures.cmake 3KB
FindTSan.cmake 3KB
FindMSan.cmake 3KB
ResourceCompiler.cmake 2KB
COPYING 1KB
hhalignment.cpp 138KB
hhblits.cpp 93KB
hhhmm.cpp 79KB
hhalign.cpp 29KB
hhhitlist.cpp 26KB
hhsearch.cpp 25KB
hhviterbialgorithm.cpp 25KB
hhprefilter.cpp 20KB
hhdatabase.cpp 20KB
hhmake.cpp 18KB
hhfullalignment.cpp 17KB
hhconsensus.cpp 16KB
a3m_compress.cpp 16KB
hhviterbirunner.cpp 15KB
hhviterbi.cpp 15KB
hhhalfalignment.cpp 12KB
hhposteriordecoder.cpp 11KB
hhfunc.cpp 11KB
hhbacktracemac.cpp 11KB
hhblits_ca3m.cpp 10KB
hhhit.cpp 9KB
hhfilter.cpp 9KB
util.cpp 8KB
hhmacalgorithm.cpp 8KB
hhdecl.cpp 7KB
hhforwardalgorithm.cpp 7KB
hhbackwardalgorithm.cpp 7KB
hhblits_mpi.cpp 7KB
hhmatrices.cpp 7KB
hhposteriordecoderrunner.cpp 7KB
hhhmmsimd.cpp 6KB
a3m_database_extract.cpp 6KB
a3m_database_filter.cpp 6KB
hhblits_omp.cpp 5KB
hhutil.cpp 5KB
a3m_database_reduce.cpp 5KB
a3m_extract.cpp 4KB
a3m_reduce.cpp 3KB
hash.cpp 2KB
hhposteriormatrix.cpp 2KB
hhviterbimatrix.cpp 2KB
list.cpp 2KB
hhblits_app.cpp 2KB
ffindexdatabase.cpp 1KB
context_data.crf 6.85MB
css_simple_distancethreshold_5.5_alpha_0.3_beta_1.5.csv 298KB
contact_simple_distancethreshold_11.6.csv 222KB
comp_simple_distancethreshold_5.5_alpha_0.3_beta_1.5.csv 11KB
MDNWeightsLayer2NOalternative7.dat 578B
MDNWeightsLayer2CACAalternative.dat 567B
MDNWeightsLayer2CACA.dat 546B
MDNWeightsLayer2SCMCminP.dat 464B
MDNWeightsLayer2SCMCdiff.dat 464B
MDNWeightsLayer2SCSCdiff.dat 455B
MDNWeightsLayer2CACAminP.dat 451B
MDNWeightsLayer2NOminP.dat 451B
MDNWeightsLayer2NOdiff.dat 448B
MDNWeightsLayer2NO.dat 447B
MDNWeightsLayer2SCMC.dat 447B
MDNWeightsLayer2SCSCminP.dat 443B
MDNWeightsLayer2CACAdiff.dat 443B
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咣荀
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