Z-BRAIN-registration:幼虫斑马鱼脑中神经活动的体积神经影像数据的配准和分段的管道

Z-BRAIN注册和细分 在此存储库中，我们建立了一个管道，用于对斑马鱼幼虫大脑中神经活动的体积神经影像数据进行配准和分段。 概述 这项工作的想法是，首先将一幅体积概要图像注册到幼虫斑马鱼的大脑，并放入一个共同的参考图集。 在第二步中，使用描述此配准（特别是它的逆配）的转换来映射参考图集中定义的大脑区域，从而对数据进行分割。 作为常见的参考图集，我们使用Z-BRAIN图集，该图集是由哈佛大学的Florian Engert周围的小组创建的，此后已作为斑马鱼斑马鱼的神经解剖学特征图集在斑马鱼社区中被广泛采用（Randlett等等人，2015年）。 请注意，我们使用的地图集的初始形式（Z-BRAIN 1.0）由三个文件组成：Z-BRAIN参考大脑堆栈（ Ref20131120pt14pl2.nrrd ），解剖标签数据库（ AnatomyLabelDatabase.hdf5 ） （ MaskD