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BF528-project-2-dreadlocks:GitHub Classroom创建的project-2-project-...
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2021-05-05
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项目介绍 该项目的目的是复制O'Meara等人完成的哺乳动物心肌再生过程中心肌细胞命运的转录逆转研究的部分结果,并使用本研究中实现的生物信息学工具进行学习和实践。 原始研究的目的是确定在再生过程中心肌细胞是否将转录表型还原为分化程度较低的状态,并系统地研究转录数据以鉴定和验证该过程的潜在调控因子。 在这个项目中,我们从GEO下载了RNA-Seq测序数据,进行了质量控制,将读取的序列与小鼠基因组mm9进行了比对,量化了基因表达,并鉴定了与心肌细胞分化相关的差异表达基因。 O'Meara等。 哺乳动物心脏再生过程中心肌肌命运的转录逆转。 Circ Res。 2015年2月。PMID:25477501 贡献者 数据负责人:张莎拉(@ -zz) 程序员:柯建峰(@ jke20) 分析师:Yu Huisiyu Yu(@yuhuisiyu) 生物学家:于忠(@ yuzhong1997) 储存
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BF528-project-2-dreadlocks-master.zip (21个子文件)
BF528-project-2-dreadlocks-master
analyst
output
down_regulated.csv 7KB
up_regulated.csv 7KB
Analyst.R 1KB
BF528-Project2-dreadlocks.pdf 324KB
biologist
script
biologist.R 8KB
LICENSE 7KB
curator
output
P0_1_2_fastqc.html 251KB
P0_1_1_fastqc.html 249KB
script
run_qc.qsub 494B
run_extract.qsub 438B
programmer
output
gene_exp.diff 3.49MB
inner_distance_out.inner_distance_plot.pdf 8KB
bam_stat.txt 843B
geneBody_out.geneBodyCoverage.curves.pdf 5KB
script
bam_stat.sh 243B
inner_distance.sh 315B
run_cufflinks.qsub 373B
run_tophat.qsub 625B
run_cuffdiff.qsub 586B
geneBody.sh 295B
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