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gcviz:应用于基因交互网络的社区检测算法
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2021-07-24
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欢迎来到 gcviz :dna: 该项目将相关的社区检测算法应用于基因交互网络。 Flask Web 应用程序可让您可视化应用的每个算法的分区结果。 您可以探索和合并社区,以及分析它们的底层基因。 目前支持的算法: 名称 描述 模块化 图书馆 鲁汶 贪婪的模块化最大化 0.69 python-louvain 流体C 流体社区检测 0.63 网络x 克劳塞特-纽曼-摩尔 模块化最大化 0.61 网络x 节点2向量 使用 kmeans 聚类的图节点嵌入。 0.65 节点2向量 Kernigan-Lin 对分法 最小化切割(递归应用) 0.06 网络x 光谱聚类 基于图拉普拉斯矩阵的幽灵 0.66 scikit-学习 格文-纽曼 基于边缘介数 0.04 网络x :whale: 码头工人 通过docker快速开始使用web应用: $ docker build -t gcviz:l
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gcviz-main.zip (43个子文件)
gcviz-main
Dockerfile 150B
.gitignore 4KB
README.md 3KB
dataset
pathways.tsv 99KB
gene_edges.tsv 359KB
static
css
style.css 3KB
images
gene-mutation.png 22KB
gcviz-brand.png 35KB
favicon.ico 1KB
js
main.js 8KB
modules
UI.js 2KB
Utils.js 1KB
State.js 8KB
RandomColor.js 12KB
Graph.js 2KB
lib
cytoscape_3.19.0
cytoscape.min.js 341KB
cytoscape.umd.js 914KB
materialize_1.0.0
materialize.min.js 177KB
materialize.min.css 139KB
app
api.py 3KB
__init__.py 0B
modules
ncbi.py 1KB
__init__.py 0B
interactions.py 1KB
views.py 261B
partitions
sc.json 1.63MB
gn.json 1.99MB
n2v.json 1.49MB
cnm.json 1.72MB
kl.json 288KB
lvn.json 1.63MB
fluidc.json 1.62MB
comdet
attaching-symbols.ipynb 7KB
n2v
embeddings.model 1.8MB
embeddings.emb 2.45MB
hugo-map
gene-id-symbol-map.pickle 53KB
community-detection.ipynb 17KB
requirements.txt 51B
modules
cytoscape.py 875B
__init__.py 0B
requirements.txt 25B
gcviz.py 673B
templates
index.html 5KB
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