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templates:一组用于nextflow和常规用法的模板
共23个文件
py:21个
md:1个
gitignore:1个
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2021-04-30
05:52:43
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范本 一堆用于处理HTS数据的模板。 与nextflow管道一起使用时特别有用。 快速参考 process_assembly_mapping.py -流程覆盖报告,并检查装配从过滤器assembly_mapping过程。 [ , ] mapping2json.py-将结果从samtool深度文件导出到包含key:value例如accession number:coverage的json文件。 mashdist2json.py-将结果从mash dist导出到一个json文件,该文件包含一个key:value例如访问accession number:distance 。 mashscreen2json.py-将结果从mash screen导出到json文件,该文件包含key:[values]例如accession number:[copy number, identity] 。 如
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templates-master.zip (23个子文件)
templates-master
process_abricate.py 14KB
fastqc_report.py 20KB
process_assembly_mapping.py 21KB
fastqc.py 7KB
__init__.py 48B
assemblerflow_utils
__init__.py 0B
assemblerflow_base.py 4KB
integrity_coverage.py 15KB
trimmomatic.py 11KB
assembly_report.py 14KB
README.md 1KB
pipeline_status.py 4KB
megahit.py 6KB
mashdist2json.py 3KB
process_assembly.py 18KB
mapping2json.py 5KB
metaspades.py 6KB
trimmomatic_report.py 5KB
pATLAS_consensus_json.py 2KB
.gitignore 26B
spades.py 6KB
skesa.py 3KB
mashscreen2json.py 3KB
共 23 条
- 1
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JinTommy
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