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PhaseDel:来自单细胞 WGS 数据的基于定相的体细胞缺失调用者-开源
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2021-05-31
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PhaseDel 是一种基于 Java 的变异调用程序,旨在检测单细胞全基因组测序 (scWGS) 数据中的体细胞缺失。 它高度专门用于区分真正的体细胞局灶性缺失(长度为几个碱基到千碱基)和过多的 SV 样伪影,这些伪影在单细胞全基因组扩增过程中不可避免地发生。 PhaseDel 根据缺失断点和附近种系杂合 SNP 位点之间的连锁信息准确检测此类真正的缺失。 PhaseDel 的重要特征是: • 使用定相信息在 scWGS 中以单碱基对分辨率准确识别体细胞局灶性缺失 • 估计具有受控 FDR 水平的给定细胞的全基因组体细胞缺失率 • 潜在 DSB 的表征已识别删除候选的修复机制 [wiki] 选项卡中提供了对该工具的更详细描述。
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PhaseDel_v1.0.0.tar.gz (10个子文件)
PhaseDel.jar 304KB
data
default.dup.candidate.list 17.24MB
fit_dist.with.FDR.R 8KB
repeatmasker.lite.mei.hg38.gz 33.45MB
gnomad_MEI.sites_hg19.vcf.gz 4.94MB
repeatmasker.lite.mei.hg19.gz 32.54MB
lib
commons-math3-3.6.1.jar 2.11MB
jopt-simple-5.0.3.jar 76KB
htsjdk-2.23.0-14-ge610af8-SNAPSHOT.jar 1.71MB
README.TXT 1KB
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阚发景
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