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MetaG_MetaT_investigations:超基因组学和超转录学珊瑚礁调查
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2021-04-08
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MetaG_MetaT_investigations 超基因组学和超转录学珊瑚礁调查 卡米 CAMI是用于宏基因组学工具比较的数据库,可为3个不同复杂度的数据集提供金标准装配和装箱结果。 •高复杂度:具有众多基因组和圆形元素的样品•中等复杂度:具有大插入片段(5kb)且成对配对的样品•复杂度低:插入物尺寸小的样品。 低的 中等的 高的 样品1 样本1 5kbp 样本1 ATLAS到Metaquast 使用的文件SAMPLE/assembly/SAMPLE_final_contigs.fasta metaquast.py -o ./ --min-contig 150 SAMPLE_final_contigs.fasta METASQUEEZE到Metaquast 使用的文件SAMPLE/results/01.SAMPLE.fasta metaquast.py -o ./ -
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MetaG_MetaT_investigations-main.zip (77个子文件)
MetaG_MetaT_investigations-main
issues
table_comparison.png 97KB
krona_medium_profile.svg 61KB
insert_sch.jpg 117KB
atlas_binning
contamin_low.png 25KB
compl_purity_high.png 22KB
compl_purity_low.png 22KB
contamin_high.png 24KB
SqueezeM-high_krona.svg 153KB
mOTU.png 213KB
SUNBEAM_scheme.png 111KB
quast_num_contigs.png 51KB
krona_high_profile.svg 114KB
metaquast_res.png 27KB
krona_low_profile.svg 23KB
domain_proportion.png 42KB
SqueezeM-low_krona.svg 81KB
ATLAS_scheme.png 643KB
atlas-low_krona.svg 32KB
squeezeM-medium_krona.svg 133KB
samsa2.jpg 102KB
metatrans.jpeg 77KB
Atlas-high_krona.svg 48KB
unclassified_reads.png 21KB
bin
init 0B
docs
Resume_article_evaluation_outils_metage.odt 23KB
Liu2020_Article_APracticalGuideToAmpliconAndMe.pdf 758KB
11824.full.pdf 1.35MB
Resume_article_stage.odt 786KB
s12859-020-03667-3.pdf 993KB
CAMI_eval
metaQuast_res.tsv 1KB
Krona
Atlas
Atlas-low_krona.html 228KB
Atlas-high_krona.html 237KB
SqueezeMeta
SqueezeM-high_krona.html 565KB
squeezeM-medium_krona.html 407KB
squeezeM-low_krona.html 268KB
medium
multiqc_report.html 1.04MB
medium_krona.html 237KB
low
multiqc_report_Quast_low.html 1.04MB
low_krona.html 226KB
multiqc_report.html 1.04MB
Atlas_DAS_effect.html 1.6MB
results.tsv 3KB
Taxonomy
taxonomy_domain_CAMI.csv 1KB
noHits_CAMI.csv 858B
high
Atlas_dastool_effect.html 3.43MB
multiqc_report.html 1.04MB
high_krona.html 260KB
results.tsv 3KB
amber_high.html 3.43MB
notes.md 0B
src
CAMI2krona
profile2krona.py 2KB
split2paired_CAMI.sh 211B
metaG_analysis.config 2KB
.docker_modules
metatrans
0.0.1
install_packages.R 464B
Dockerfile 641B
docker_init.sh 0B
install_packages2.R 232B
usearch5.2.236_i86osx32 1.08MB
atlas
0.0.1
Dockerfile 2KB
docker_init.sh 0B
samsa2
0.0.1
Dockerfile 939B
docker_init.sh 0B
groupm
0.0.1
Dockerfile 2KB
docker_init.sh 153B
atlas2krona
MAGcontigBAM_2reads.py 2KB
reads2genome_2Krona.py 2KB
metaG_analysis.nf 19KB
CompareSqueezemeta.py 5KB
split2Xsamples_CAMI.sh 77B
squeezeMeta2Krona
squeezeM2Krona.py 1KB
build_metaquast_results.R 824B
ComparaisonATLAS.py 5KB
SRA2pipeline
SRA_2interleaved_fastq.py 2KB
separate_reads.py 2KB
pipeline2AMBER
convert_bins.py 2KB
add_column_length.py 1KB
README.md 9KB
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