CoSA-开源

CoSA（Concurrent Subtractive assembly）是一个包，通过在 kmer 频率的基础上比较两组宏基因组来检测差异短测序读数。 KMC 2 是最快的 k-mer 计数实现之一，因此我们在我们的包中使用 KMC 2 进行 k-mer 计数。 因为很多情况下我们需要比较几十个甚至上百个样本，所以我们采用Libcuckoo中的并发哈希表来进行高效的k-mer计数。 提取差异读数后，它们可用于下游分析，包括组装以识别宏基因组组（例如，健康与患病）之间差异丰富的基因。 请参阅我们的 RECOMB 论文了解更多详情：Wontack Han、Mingjie Wang 和 Yuzhen Ye。 一种用于识别疾病相关亚宏基因组的并行减法组装方法。 继续进行RECOMB 2017。