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d-StructMAn
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2021-03-10
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结构 什么是StructMAn? 结构突变注释(StructMAn)软件根据相应蛋白质中氨基酸变化的结构特性,提供非同义单核苷酸变体(nsSNV)的注释。 其基本原理是,如果突变位于蛋白质与另一种蛋白质,DNA,RNA或小分子之间的相互作用界面上,则可能会干扰这种相互作用,并且蛋白质核心中的突变位置可能会影响其稳定性。 。 StructMAn首次发表在,我们证明了这种结构注释与用于预测错义突变的破坏作用的既定工具紧密相关。 后来,我们并发现了其空间分布的明显趋势。 为什么要使用StructMAn的容器 容器将帮助用户设置自己的StructMAn本地安装 在这里,我们目前和容器的StructMAn版本 Docker版本的StructMAn 要求 在开始之前,请确保您已连接互联网以使用SructMAn 注意:此处的所有示例代码/命令均基于CentOS 7(所有操作均以root用户身份执行(
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d-StructMAn-master.zip (83个子文件)
d-StructMAn-master
.gitignore 9B
Dockerfile 3KB
structman_source
StructMAn_db
db_splitag 45MB
db_splitad 45MB
db_splitae 45MB
db_splitaa 45MB
db_splitah 45MB
db_splitai 1.41MB
db_splitab 45MB
db_splitac 45MB
db_splitaf 45MB
StructMAn
config.txt 171B
createPdbBaDb.py 27KB
update.py 4KB
lib
serializedPipeline.py 70KB
globalAlignment.py 24KB
createRINdb.py 14KB
output.py 67KB
rin.py 37KB
lite_pipeline.py 7KB
babel.py 4KB
rinerator
sequence.py 3KB
prt_set.py 4KB
ext_data.py 7KB
nci_graph.py 8KB
reduce 688KB
get_conservation.py 15KB
sel_utils.py 3KB
st_selection.py 16KB
get_data.py 6KB
get_chains.py 6KB
nc_interactions.py 10KB
get_segments.py 6KB
nci_residues.py 6KB
probe 302KB
reduce_wwPDB_het_dict.txt 48.75MB
alig_set.py 7KB
get_ncint.py 1012B
annovar.py 14KB
indel_analysis.py 3KB
spherecon.py 43KB
database.py 113KB
uniprot.py 29KB
sdsc.py 117KB
struct_man_db_uniprot.sql 2KB
MMseqs2.py 8KB
sphecol.py 59KB
centrality.py 35KB
blast.py 4KB
build_mapping_database.py 4KB
pdbParser.py 73KB
addSequences.py 2KB
parseMobyDb.py 3KB
templateSelection.py 3KB
base
proteomes
build_sequence_database.py 3KB
id_mapping
human_ac_mapping.tab 5.76MB
human_info_map.tab 24.69MB
build_mapping_database.py 4KB
human_refseq_mapping.tab 3.8MB
human_obsolete_acs.tab 976KB
blast_db
pdbba_search_db_mmseqs2.index 3.28MB
pdbba_search_db_mmseqs2_h 2.54MB
pdbba_search_db_mmseqs2 46.52MB
pdbba_search_db_mmseqs2_h.index 2.8MB
pdbba_search_db_mmseqs2.dbtype 4B
tmp
README 35B
pdbba_search_db_mmseqs2_h.dbtype 4B
ligand_bases
link.txt 45B
Components-smiles-stereo-oe.smi 3.49MB
inchi_base.tsv 5.84MB
updateDB.py 524B
repairDB.py 7KB
.giosave4XQtN7 0B
templateFiltering.py 43KB
pdb-rsync.sh 2KB
structman.py 37KB
README 61B
LICENSE 26KB
docker-entrypoint.sh 7KB
README.md 15KB
utility_scripts
setup_structman_docker_container.sh 2KB
setup_structman_podman_container.sh 2KB
README 77B
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可爱的小树懒
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