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抗体_结构_预测:学习抗原或物种特异性旋转子的文库
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2021-02-11
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抗体结构预测因子 这是关于什么的? 基本上,该库可用于解析PDB文件以获得结构特征。 但是它也允许准备这些功能以训练ML模型。 组织: 数据: 例如,我们选择了两种HIV gp160特异性BnAb结构。 解析器: 它读取提供的PDB字段以获取AA序列以及X,Y,Z坐标。 扭转角沿序列(phi,psi,tau,theta)计算。 由于前一个在蛋白质序列的末端不完整,并且由于后两个是在3/4 AA长窗口中计算的,因此蛋白质序列会相应地修剪。 它还获取原子特定的B因素。 序列特定的数据存储在数据帧中,其中AA ID为第一列。 数据处理: 它将生化特征添加到数据中,例如: 极性 疏水性 收费 是芳香的 化学分组(羟基和硫代) 它还允许计算数据的多项式特征(请参阅sci-kit学习文档中的多项式特征),然后根据时间步长参数对数据帧进行连接和切片:(要学习的肽长度)。 每个切片在[0,1]
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Antibody_Structure_Prediction-master.zip (17个子文件)
Antibody_Structure_Prediction-master
README.md 3KB
Data
README.md 1B
src
img1.jpeg 61KB
process.py 3KB
main.py 180B
init.py 1019B
model.py 3KB
monitor.py 867B
parse.py 3KB
results
READ_ME.md 1B
sample4.png 16KB
sample1.png 17KB
sample3.png 18KB
sample5.png 17KB
sample2.png 19KB
training.png 50KB
fine_tuning.png 55KB
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可爱的小树懒
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