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B040_BeadScanEvaluation:Matlab脚本包,允许在微观z图像堆栈中自动查找和测量PSF
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2021-05-22
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B040_BeadScan评估 Matlab脚本用于DualView磁珠罐 该脚本允许对珠罐进行评估,就像通常在SPIM(或任何其他)显微镜中所做的那样,以表征PSF(以及可能的DualView光学器件的对准)。 测量 制备珠粒胶的凝胶 将含有低浓度亚衍射珠的凝胶切碎。 我们用: 切掉注射器变细的顶部,准备几个1ml注射器(请参见下图(A))。 将0.5%PhytaGel(P8169,Sigma-Aldrich)与去离子水混合(充分摇匀)。 然后在微波炉中加热直至胶凝剂完全溶解。 我们使用40ml水和200µg PhytaGel。 加入MgSO4至终浓度0.1% 我们使用400µl的10%MgSO4储备溶液。 仍> 40°C时,将1 ml溶液填充到Epi中,并直接从库存中添加5-10µl 100nm TetraSpec珠子(来自Invitrogen的T-7279)。 很快涡旋。
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B040_BeadScanEvaluation-master.zip (67个子文件)
B040_BeadScanEvaluation-master
directionAngleRotationMatrix.m 1KB
imcov.m 2KB
downsamp2d.m 571B
single_template.m 7KB
load_tiff_sequence.m 4KB
directionToSphericalAngles.m 1KB
plot_timeprofile.m 2KB
Gaussian2D.m 1KB
perform_evalzstack_3dfits.m 13KB
fit_gauss1D.m 1022B
eval_psf_zstack_demo.m 5KB
Gaussian2Drmg.m 1KB
imcom.m 2KB
load_tiff_sequence_single.m 3KB
Gaussian1D.m 1KB
eval_psf_zstack.m 12KB
perform_lightsheetanalysis.m 9KB
example_data
beadscan_testdataset.zip 37.93MB
fit_rectconvgauss1D.m 1KB
evaluate_dualcolorzstackresults.m 16KB
perform_evaldualcolorzstack.m 1KB
erroreg.m 278B
test_gaussian2d.m 2KB
load_tiff_sequence_from_files.m 1KB
calibrate_gauss_broadenedgauss.m 3KB
perform_lightsheet_analysis_plot2results.m 6KB
load_multiframetiff_sequence.m 2KB
Gaussian2Dr.m 1KB
lightsheet_analysis.m 2KB
sphericalCoordinatesUnitVectors.m 830B
fit_gauss1Dvar.m 1KB
GaussianND.m 1KB
read_CHSPAD_binary.m 302B
fitfunc_gaussian2Dr_w.m 1KB
fit_gaussianbeam_width.m 1024B
LICENSE 34KB
fitfunc_gaussian2Dr.m 1KB
fit_gaussBeamWidth.m 1020B
eulerRotationMatrix.m 1KB
plot_gaussianprops3D_3D.m 4KB
README.md 4KB
plot_gaussianprops_image.m 2KB
Gaussian3Drmg.m 4KB
fitfunc_gaussian3Dr_w.m 1KB
plot_points_binlinfit.m 2KB
eval_psf_xstack.m 6KB
performfit_gaussian2Dr.m 3KB
directionToSphericalPhi.m 1KB
downsamp2d_fitsize.m 2KB
template_lightsheet_analysis.m 2KB
test_gaussiang3drmg.m 5KB
fit_gaussianND.m 2KB
imestimatebackground.m 2KB
directionToSphericalTheta.m 1KB
eval_intensitystack.m 1KB
findBeads3D.m 10KB
perform_evalzstack.m 48KB
Fit_Gaussian2D.m 1KB
performfit_gaussian3Dr.m 5KB
old_of_lightsheet_analysis.m 6KB
plot_gaussianprops3D_image.m 4KB
perform_evalxzstack.m 17KB
fitfunc_gaussian3Dr.m 1KB
mat2strformated.m 967B
dv2_template.m 6KB
lightsheet_analysis_plot2results.m 5KB
fit_psf.m 4KB
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