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autogamess:这是一个使用GAMESS(us)自动执行拉曼计算的python模块
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2021-03-29
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自动游戏 如果您将AutoGAMESS用于任何已发表的研究,请以以下或类似的方式引用它: AutoGAMESS[1] was used for workflow automation. [1] Ferrari, Brian. "AutoGAMESS: A Python package for automation of GAMESS (US) Raman calculations." Journal of Open Source Software 4.41 (2019): 1612. 这是一个python模块,用于自动生成输入文件和解析日志文件,最终目标是使用 Quantum Chemistry软件生成拉曼数据。 此套件是使用GAMESS VERSION = 20 APR 2017 (R1) ,还经过了部分测试以用于GAMESS VERSION = 1 MAY 2013 (R1)和G
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autogamess-master.zip (76个子文件)
autogamess-master
CONTRIBUTE.md 1KB
requirements.txt 75B
examples
compile_data.py 178B
run_gamess.bat 601B
convert_files.py 1KB
autogamess_test
Autogamess_Water_example.pdf 27KB
AGv1-0-35_H2O_B3LYP_CCD_opt.dat 33KB
AGv1-0-35_H2O_B3LYP_CCD_opt.inp 507B
AGv1-0-35_H2O_B3LYP_CCD_raman.inp 3KB
Autogamess_Water_example.ipynb 7KB
AGv1-0-35_H2O_B3LYP_CCD_raman.dat 13KB
AGv1-0-35_H2O_B3LYP_CCD_hes.inp 555B
Water
Spreadsheets
H2O.xlsx 7KB
Logs
Pass
Raman
H2O
AGv1-0-35_H2O_B3LYP_CCD_raman.log 104KB
Optimization
H2O
AGv1-0-35_H2O_B3LYP_CCD_opt.log 111KB
Hessian
H2O
AGv1-0-35_H2O_B3LYP_CCD_hes.log 96KB
AGv1-0-35_H2O_B3LYP_CCD_hes.dat 17KB
input.csv 106B
autogamess
get_data.py 2KB
sort_inps.py 2KB
config.py 5KB
input_builder.py 9KB
hes2raman.py 2KB
new_project.py 7KB
opt2hes.py 2KB
convert_ir_units.py 1KB
classes
INPUT.py 8KB
__init__.py 174B
PROJECT.py 9KB
fill_spreadsheets.py 11KB
data_finder.py 12KB
__init__.py 1KB
plots
__init__.py 262B
make_kde.py 1KB
prep_data.py 5KB
make_scatter.py 5KB
dictionaries.py 13KB
sort_logs.py 2KB
make_plot.py 7KB
generate_scaling_factors.py 3KB
LICENSE 1KB
setup.py 700B
README.md 25KB
tests
test_package.py 3KB
correct
IBtest
AG-test_H2O_B3LYP_CCD_opt.inp 513B
NPtest
Inps
Raman
H2O
.gitignore 0B
.gitignore 0B
Optimization
H2O
.gitignore 0B
.gitignore 0B
Hessian
H2O
.gitignore 0B
.gitignore 0B
Spreadsheets
H2O.xlsx 7KB
.gitignore 0B
Logs
Sorted
H2O
.gitignore 0B
.gitignore 0B
Fail
Solved
.gitignore 0B
.gitignore 0B
Unsolved
.gitignore 0B
Pass
Raman
H2O
.gitignore 0B
.gitignore 0B
Optimization
H2O
.gitignore 0B
.gitignore 0B
Hessian
H2O
.gitignore 0B
.gitignore 0B
.gitignore 0B
.gitignore 0B
GDtest
AG-test_H2O_B3LYP_CCD_hes.log 109KB
AG-test_H2O_B3LYP_CCD_opt.log 52KB
AG-test_H2O_B3LYP_CCD_raman.log 117KB
input.csv 127B
test_imports.py 733B
Paper
paper.bib 9KB
AG-test_H2O_B3LYP_CCD_ir-plot.png 47KB
AG-test_H2O_B3LYP_CCD_raman-plot.png 43KB
paper.md 8KB
line-plots.PNG 81KB
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