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genomics:与基因组学和生物信息学有关的脚本和注释的集合
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2021-05-06
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计算基因组学资源 内容: notes :笔记和简单的计算任务 workflows :多步骤协议 scripts :用于特定任务的完整脚本 scripts-bigpurple和scripts-phoenix :针对特定集群优化的脚本(包括对数据和系统变量的引用) 相关资料库: :来自sns管道的脚本 :教程
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genomics-master.zip (47个子文件)
genomics-master
.gitignore 1KB
functions-r
plotPCAWithSampleNames.R 2KB
notes
rna-seq.md 3KB
files-fasta.md 1KB
files-gtf.md 841B
r.md 4KB
single-cell-rna-seq.md 828B
files-vcf.md 275B
files-fastq.md 411B
heatmaps.md 6KB
pathways.md 1KB
rna-seq-strand.md 2KB
converting-files.md 1KB
files-chrom-sizes.md 216B
scripts-bigpurple
assembly-10x-supernova.sh 4KB
scrna-10x-cellranger-aggr.sh 2KB
scrna-10x-cellranger-count.sh 3KB
cnvs-wgs-freec.sh 11KB
scrna-10x-cellranger-count-features.sh 4KB
scripts
snvs-cnvs-mutect-strelka-freec-pyclone.R 12KB
scrna-decontaminate-soupx.R 4KB
csv-clean.sh 974B
meth-minfi.R 8KB
mut-mhc-binding.pl 15KB
fastq-quality-bars.sh 2KB
scrna-10x-seurat-3.R 92KB
fastq-merge.pl 3KB
cnv-freec-genome-plot.R 3KB
scrna-10x-seurat-2.R 66KB
gtf-remove-overlapping.pl 3KB
cnv-freec-heatmap.R 2KB
scrna-10x-seurat-1.R 35KB
README.md 502B
workflows
rna-seq-diff-exp.md 1KB
ref-genome-gfp.md 3KB
draft-genome-init.md 9KB
microarray.md 385B
nanopore-init.md 5KB
ref-genome-init.md 151B
rrna-ref.md 3KB
gatk-mouse-mm10.md 3KB
scripts-phoenix
assembly-10x-supernova.sh 4KB
scrna-10x-cellranger-aggr.sh 2KB
scrna-10x-cellranger-count.sh 3KB
join-all.sh 1KB
bcl2fastq-sample-sheet-fix.sh 2KB
wgs-10x-longranger.sh 3KB
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李青廷Austin
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