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PConsC2:使用机器学习进行蛋白质接触预测
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2021-06-04
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PconsC 和 PconsC2 Maja Gocevska ( Yannick Jadoul ( ) 伊内兹·( ) Python环境 PconsC 和 PconsC2 方法的这个实现是用 Python 2.7 版编写的。 它需要安装 scipy、numpy、scikit-learn 和 matplotlib 库。 数据 假定数据在数据文件夹中按以下方式排序: data/ sequence_names sequences/ <sequence>.fa folds/ set<i> contacts/ <sequence>.CB <method>/ <sequence>.pred alignments/ <sequence>.fa psipred/ <sequen
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PConsC2-master.zip (28个子文件)
PConsC2-master
clean_data.py 2KB
data_io.py 4KB
predict_data.py 1KB
hydra
pconsc.pbs 464B
pconsc2.pbs 505B
score_map.py 2KB
evaluation.py 6KB
pconsc.py 1KB
contact_map.py 2KB
etc
NOTES ON DATA 267B
evaluation_psicov_plmdca.png 29KB
evaluation_psicov_plmdca_pconsc.png 37KB
contact_map examples
1CC8_pdb.png 25KB
1LO7_pdb 60B
1LO7.png 14KB
1LO7_pdb.png 25KB
1CC8_dist.png 39KB
1LO7_dist.png 80KB
1CC8_pdb 60B
1CC8.png 12KB
README.md 1KB
pconsc2.py 2KB
timer.py 268B
prepare_dataset.py 5KB
next_layer_dataset.py 2KB
.gitignore 133B
fit_data.py 920B
constants.py 751B
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蒙霄阳
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