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RNA-Science-Toolbox:进行RNA科学的平台
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2021-05-20
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RNA科学工具箱 RNA科学工具箱提供了Python API(PyRNA),可在Linux(主要是Ubuntu)和MacOSX上进行RNA科学。 PyRNA使您能够: 解析来自“经典”文件格式(PDB,CT,FASTA,VIENNA等)的RNA数据,并将其转换为易于使用和易于分析的数据结构: 熊猫系列和数据框 “ PyRNA对象”(在pyrna.features模块中定义)。 根据RNA算法(请参见下文)计算RNA数据,并将其转换为Pandas数据结构和PyRNA对象, 从公共数据库( PDB , RFAM等)中恢复RNA数据,并将其转换为Pandas数据结构和PyRNA对象, 将某些功能部署为REST Web服务。 该项目与DockeRNA项目有关,该项目提供了包含您可能需要的RNA算法的Docker映像。 RNA科学工具箱还提供了一堆Jupyter笔记本来演示基本功能。
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RNA-Science-Toolbox-master.zip (80个子文件)
RNA-Science-Toolbox-master
servers.txt 47B
server_load.png 117KB
notebooks
Create and manipulate molecules.ipynb 15KB
Create and manipulate alignments.ipynb 14KB
Create and manipulate tertiary structures.ipynb 1.24MB
Create and manipulate secondary structures.ipynb 38KB
grid_tasks
annotate.task 26KB
template.task 2KB
napp.task 4KB
import_3Ds.task 11KB
let_it_sno.task 22KB
scripts
shell
getCDD.sh 122B
getRfam_taxonomy.sh 128B
get_ensembl_ncrnas.sh 246B
getRfam_families.sh 285B
get_rfam_families_from_jobs_list.sh 185B
getRfam_genomicEntries.sh 136B
getRfam_data.sh 138B
python
trnaScanSE.py 795B
find_gene_models.py 9KB
import_3Ds.py 9KB
rnapedia.py 1KB
sam2soap.py 19KB
get_accession_numbers_from_taxid.py 4KB
glite.py 3KB
refine_snoclusters.py 4KB
rfam3ds_2_assemble2.py 6KB
from_genbank_ids_2_organism_names.py 1KB
svm.py 3KB
find_cisregulatory_motifs.py 908B
rfam_seed_to_mongodb.py 2KB
genbank_ids_2_fasta_and_gff3.py 1KB
scan_genome_for_2Ds.py 2KB
split_rfam_alignments.py 1KB
sam2mongo.py 4KB
rnaml_to_ct.py 2KB
search_SL1.py 3KB
get_rfam_ids.py 637B
embl_to_fasta.py 674B
pyrna_tests.py 975B
website
pages
index.html 5KB
account.html 10KB
server.html 8KB
booquet.html 33KB
pyrna.html 4KB
login.html 8KB
webservices.html 4KB
rnapedia.html 4KB
bower.json 488B
images
booquet_logo.png 33KB
js
dashboard.js 1KB
d3
d3.layout.min.js 17KB
LICENSE 1KB
d3.v3.min.js 140KB
css
dashboard.css 5KB
timeline.css 3KB
README.md 9KB
data
1EHZ_stem_loops.png 181KB
1EHZ_junctions.png 182KB
telomerases.fasta 561B
3Q1Q.png 559KB
1ehz.pdb 156KB
ft3100_2D_with_bracket_notation.fasta 321B
ft3100_from_FANTOM3_project.fasta 169B
pyrna
db.py 30KB
.DS_Store 6KB
glite.py 15KB
utils.py 8KB
task.py 2KB
__init__.py 1B
server.py 34KB
restclient.py 4KB
parsers.py 70KB
websites.py 2KB
computations.py 115KB
features.py 53KB
.gitignore 91B
fabfile.py 14KB
_config.yml 26B
logo.afdesign 20KB
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