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phi-deidentifier:NLP沙盒PHI标识符的示例实现
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2021-04-01
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NLP沙箱PHI标识符 示例实现 概述 该存储库提供了的Python-Flask实现。 PHI Deidentifier将临床记录和配置对象作为输入,并输出已取消识别的临床记录。 所有NLP沙箱工具都随附有Web界面(请参阅“节)。 PHI Deidentifier还具有一个,该能够以更加用户友好的方式取消对临床笔记的识别。 规格 PHI Deidentifier API版本:1.0.1 工具版本:1.0.1 Docker映像: 工具依赖项: 注意:此NLP任务的输入和输出的标识仍在进行中。 一旦确定了此NLP工具的规格,便可以在上对该工具的性能进行基准测试。 模型 此NLP工具依靠三种NLP工具来识别敏感信息的位置: 用户提供的配置对象定义了应用的取消标识步骤的顺序。 例如,用户可以要求使用掩盖字符“ *”取消对置信度大于90的日期注释的标识。 此存储库的CI / CD工作流
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phi-deidentifier-develop.zip (70个子文件)
phi-deidentifier-develop
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dependabot.yml 879B
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LICENSE 11KB
README.md 13KB
docker-compose.yml 2KB
CODE_OF_CONDUCT.md 3KB
.gitignore 88B
server
.dockerignore 887B
test-requirements.txt 156B
.openapi-generator-ignore 1KB
docker-entrypoint.sh 138B
openapi_server
util.py 3KB
config.py 3KB
models
text_person_name_annotation.py 5KB
text_date_annotation_all_of.py 2KB
base_model_.py 2KB
annotation_set.py 6KB
text_annotation.py 5KB
error.py 4KB
deidentification_step.py 9KB
date_offset_config.py 2KB
health_check.py 2KB
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__init__.py 1KB
text_physical_address_annotation_all_of.py 2KB
text_physical_address_annotation.py 7KB
license.py 2KB
note.py 5KB
masking_char_config.py 2KB
tool.py 12KB
text_date_annotation.py 6KB
tool_dependencies.py 2KB
deidentify_request.py 3KB
typing_utils.py 809B
controllers
health_check_controller.py 513B
__init__.py 0B
security_controller_.py 0B
tool_controller.py 2KB
deidentified_note_controller.py 5KB
phi_deidentifier
__init__.py 0B
deidentifiers.py 6KB
__init__.py 0B
__main__.py 586B
test
test_health_check_controller.py 757B
utils.py 5KB
__init__.py 437B
test_tool_controller.py 1KB
test_deidentified_note_controller.py 25KB
openapi
openapi.yaml 21KB
encoder.py 608B
Dockerfile 880B
requirements.txt 126B
prod-requirements.txt 15B
tox.ini 273B
setup.cfg 147B
README.md 1KB
uwsgi.ini 459B
.gitignore 857B
.openapi-generator
VERSION 5B
package-lock.json 111KB
nginx
nginx.conf 162B
templates
http.conf.template 749B
events.conf.template 39B
package.json 477B
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陳二二
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