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scMappR:scMappR开发包
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2021-04-01
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单单元格映射器(scMappR) 达斯汀·索科洛夫斯基(Dustin Sokolowski):Dickin-dot-sokolowski-at-sickkids-dot-ca 日期:03/31/2021 描述 scMappR的主要功能 适用于pre-print的scMappR R软件包的说明。 单细胞映射仪(scMappR)R软件包包含一套生物信息学工具,这些工具可将实验相关的细胞类型特定信息提供给差异表达基因(DEG)列表。 函数scMappR_and_pathway_analysis对DEG进行排名,以生成称为细胞加权倍数变化(cwFold-change)的细胞类型特异性评分。 cw倍数变化是通过大量差异分析确定的原始倍数变化,然后通过DEG的细胞类型特异性和输入样品的细胞类型比例进行缩放。 运行scMappR_and_pathway_analysis 用户输入DEG列表(基因名称,
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scMappR-master.zip (84个子文件)
scMappR-master
man
tissue_scMappR_internal.Rd 3KB
gProfiler_cellWeighted_Foldchange.Rd 2KB
compare_deconvolution_methods.Rd 2KB
human_mouse_ct_marker_enrich.Rd 2KB
single_gene_preferences.Rd 2KB
two_method_pathway_enrichment.Rd 3KB
make_TF_barplot.Rd 2KB
PBMC_example.Rd 1KB
process_dgTMatrix_lists.Rd 4KB
scMappR_tissues.Rd 567B
pathway_enrich_internal.Rd 3KB
sm.Rd 664B
topgenes_extract.Rd 1KB
deconvolute_and_contextualize.Rd 5KB
get_gene_symbol.Rd 1KB
process_from_count.Rd 3KB
cwFoldChange_evaluate.Rd 4KB
tissue_by_celltype_enrichment.Rd 2KB
extract_genes_cell.Rd 1KB
tissue_scMappR_custom.Rd 2KB
DeconRNAseq_CRAN.Rd 1KB
cellmarker_enrich.Rd 2KB
gsva_cellIdentify.Rd 2KB
generes_to_heatmap.Rd 2KB
get_signature_matrices.Rd 741B
plotBP.Rd 2KB
POA_example.Rd 2KB
gmt.Rd 821B
heatmap_generation.Rd 3KB
seurat_to_generes.Rd 1KB
coEnrich.Rd 2KB
toNum.Rd 502B
scMappR_and_pathway_analysis.Rd 6KB
tochr.Rd 510B
.gitignore 49B
README.md 13KB
.Rbuildignore 41B
vignettes
scMappR_Vignette.Rmd 31KB
tests
testthat.R 66B
testthat
test_scMappR_and_pathway_analysis.R 7KB
test_tissue_scMappR_custom.R 1KB
.DS_Store 6KB
DESCRIPTION 3KB
R
scMappR_tissues.R 491B
DeconRNAseq_CRAN.R 5KB
cwFoldChange_evaluate.R 15KB
coEnrich.R 7KB
human_mouse_ct_marker_enrich.R 15KB
POA_example.R 1KB
topgenes_extract.R 4KB
gProfiler_cellWeighted_Foldchange.R 9KB
plotBP.R 6KB
make_TF_barplot.R 6KB
gmt.R 768B
toNum.R 2KB
gsva_cellIdentify.R 9KB
pathway_enrich_internal.R 11KB
single_gene_preferences.R 6KB
two_method_pathway_enrichment.R 15KB
seurat_to_generes.R 4KB
tissue_scMappR_internal.R 15KB
tissue_scMappR_custom.R 8KB
tochr.R 2KB
PBMC_example.R 1KB
sm.R 599B
deconvolute_and_contextualize.R 29KB
generes_to_heatmap.R 9KB
get_signature_matrices.R 5KB
process_from_count.R 15KB
heatmap_generation.R 12KB
tissue_by_celltype_enirchment.R 6KB
compare_deconvolution_methods.R 6KB
cellmarker_enrich.R 7KB
scMappR_and_pathway_analysis.R 32KB
extract_genes_cell.R 5KB
get_gene_symbol.R 4KB
process_dgTMatrix_lists.R 13KB
scMappR.Rproj 307B
data
sm.rda 169KB
gmt.rda 1KB
scMappR_tissues.rda 2KB
POA_example.rda 66KB
PBMC_example.rda 291KB
NAMESPACE 3KB
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NinglingPan
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